Aduana Central: Comprende de la provincia de San José los siguientes cantones: Central, Escazú, Desamparados, Tarrazú, Aserrí, Goicoechea, Alajuelita, Coronado, Acosta, Tibás, Moravia, Montes de Oca, Dota, Curridabat, Pérez Zeledón y León Cortés; de la provincia de Heredia los siguientes cantones: San Rafael y San Isidro y la provincia de Cartago. Tiene a su cargo el Puesto de Aduana Postal ubicado en las Oficinas de Correos de Costa Rica en Zapote.

 Aduana La Anexión: Comprende de la provincia de Guanacaste, los cantones de Liberia, Nicoya, Santa Cruz, Bagaces, Carrillo, Cañas, Tilarán, Abangares, Nandayure y Hojancha. 

Aduana de Limón: Comprende de la provincia de Limón, los cantones de Limón, Pococí, Siquirres, Matina, Talamanca y Guácimo. Tiene a su cargo el Puesto de Aduana Sixaola. 

Aduana de Paso Canoas: Comprende de la provincia de Puntarenas, los cantones de Coto Brus, Corredores, Buenos Aires, Osa y el Puesto de Aduana de Golfito.

 Aduana de Peñas Blancas: Comprende de la provincia de Guanacaste, el cantón de La Cruz; de la provincia de Alajuela, los cantones Los Chiles, Upala y Guatuso. Tiene a su cargo los Puestos de Aduana Los Chiles y Las Tablillas. 

Aduana Santamaría: Comprende de la provincia de San José, los cantones de Puriscal, Mora y Santa Ana; de la provincia de Heredia, los cantones de Heredia, Barva, Santa Bárbara, Belén, Flores, Santo Domingo, San Pablo y Sarapiquí; de la provincia de Alajuela, el cantón de Alajuela, San Ramón, Grecia, Atenas, Naranjo, Palmares, Poás, Alfaro Ruiz y Valverde Vega. Tiene a su cargo el Puesto de Aduana Tobías Bolaños.