הוסיפו את רוטב העגבניות וערבבו, עד לקבלת גוון מעט חום. הוסיפו את העגבניות הקצוצות, המים, פפריקה, כמון ומלח. ערבבו את כל המרכיבים עד שהשתלבו היטב.  כסו את המחבת ותנו לרוטב להתבשל על אש נמוכה למשך כ-10 דקות, עד שהעגבניות התרככו ומתחילות להתפרק. הרימו את המכסה וערבבו מדי פעם.

כאשר העגבניות מבושלות, הרימו את המכסה וערבבו שוב. טעמו את הרוטב ותקנו את התיבול בהתאם לטעמכם.

הוסיפו את הביצים, אך לא בדרך המוכרת לכם, אלא באמצעות כף שתסייע לכם להכניסה לרוטב: פצחו ביצה לתוך המחבת. באמצעות הכף, ארגנו את החלבון והרוטב בצורה כזאת שהחלמון יהיה מתחת לפני השטח של הרוטב.

כסו את המחבת וכוונו על אש נמוכה עד שהחלבון מוכן, כ- 5-8 דקות. לאחר מכן, הסירו את המכסה, פזרו פטרוזיליה קצוצה והגישו מיד. אם השקשוקה מחכה יותר מדי זמן, או נשארת מכוסה, החלמונים יהפכו למוצקים.