Con el paso del tiempo, al aumentar el poder de otras instituciones, el poder de los adelantados fue disminuyendo. Los adelantados fueron progresivamente reemplazados por gobernadores, con funciones similares, pero en una estructura de gobierno más consolidada. Estos gobernadores eran nombrados por el rey y administraban los asuntos políticos, económicos y militares de una región. Estaban sujetos a mayor supervisión y debían rendir cuentas a las autoridades peninsulares. Aunque su poder era considerable, se encontraba más equilibrado. Se les podría comparar a alcaldes o gobernadores de estado.

Los gobernadores eran funcionarios de rango inferior a los capitanes generales, pero con responsabilidades similares. Administraban una provincia o región específica en el virreinato. Representaban a la Corona española en sus respectivas jurisdicciones. Sus responsabilidades se asemejan actualmente a las de un General de División o un General Secretario de la Defensa Nacional y un gobernador de estado.

Administraban los bienes comunales, organizaban festividades y resolvían conflictos a nivel local. Servían como intermediarios entre las comunidades y las autoridades virreinales. Estaban sujetos a la supervisión de los virreyes, gobernadores y Audiencias, quienes podían anular decisiones o nombrar funcionarios locales. Actualmente se podrían asemejar a los ayuntamientos o a los jurados locales.

Los corregidores eran funcionarios nombrados por el rey o el virrey para administrar una ciudad o villa de importancia. Organizaban el cabildo, recaudaban impuestos, resolvían conflictos y aplicaban la ley. Ambos representaban la autoridad real a nivel local. Su poder es comparable al de los alcaldes de la actualidad.