Campur tangan tersebut meresahkan rakyat Kalimantan, khususnya golongan kerajaan yang merasa bahwa adat tradisinya dirusak. Sementara itu rakyat juga kecewa karena politik Belanda dipaksakan pada kraton.

Jepang pertama kali mendarat di Kalimantan Barat pada Februari 1942. Sekitar dua tahun kemudian terjadi pembunuhan massal bermula dari informasi yang diterima pihak Jepang bahwa akan muncul perlawanan. Jepang pun mulai melakukan penangkapan pada tokoh-tokoh masyarakat.

Mulai Oktober 1943 sampai Juni 1944, Jepang melakukan eksekusi orang-orang yang ditangkap. Puncaknya terjadi pada 28 Juni 1944 yang kemudian dikenal dengan peristiwa Mandor. Mandor adalah sebuah wilayah kecil yang berjarak sekitar 88 kilometer dari Kota Pontianak. Diperkirakan ribuan orang tewas dibantai tentara Jepang dalam periode itu.

Di pihak Suku Dayak terjadi juga konflik dengan tentara Jepang. Konflik dan pembantaian, akhirnya pada tahun 1944 orang-orang Dayak di Kalimantan Barat mulai melakukan perlawanan rakyat Kalimantan. Namun sayang, hal itu tidak mengancam kekuasaan Jepang sama sekali.