El pastor Gil Cordero encontró una talla de la virgen María en el río Guadalupe.

Cerca del lugar donde se encontró la imagen se construyó una ermita alrededor de la cual surgió el asentamiento actual con el nombre de Puebla de Santa María de Guadalupe.

La virgen de Guadalupe es la patrona de todas las tierras de habla hispana y ostenta el título de reina de las Españas según la tradición católica.

Según la leyenda, la imagen fue realizada en un taller de escultura fundado en Palestina por san Lucas Evangelista.

Siglos después, elegido en el año 590 Gregorio Magno, papa, trasladó dicha imagen a su oratorio particular. Solicitó la protección de María por medio de esta efigie. Gregorio Magno envió a San Leandro, arzobispo de Sevilla, a través de su hermano Isidoro, que estaba entonces en Roma, esta singular imagen de María, como obsequio. En su traslado desde Roma a Sevilla, la expedición sufrió una fuerte tormenta en alta mar, llegó sana y salva a Sevilla, donde fue recibida por San Leandro y entronizada en la iglesia principal, en la que permaneció hasta la conquista musulmana. Hacia el año 714,varios clérigos en su huida hacia el norte de la península, trajeron consigo esta imagen y algunas reliquias de santos, que escondieron junto al río Guadalupe.

Alrededor de la ermita fueron asentándose los primeros habitantes del nuevo núcleo de población, que tomaría su nombre del río en el que fue encontrada la imagen de la Virgen.

Se constituye el primer ayuntamiento. Pueblo originariamente perteneciente a las Tierras de Talavera y a la región de Castilla la Nueva.

En 1833 pasa a formar parte de la provincia de Cáceres y por tanto a Extremadura.

En el año 1820, a la caída del Antiguo Régimen la localidad se constituye en municipio constitucional, entonces conocido como Puebla de Guadalupe en la región de Extremadura que desde 1834 quedó integrado en Partido Judicial de Logrosán en el censo de 1842.

Se grabó en 1956 la película “El pequeño ruiseñor”, la primera película de Joselito.

El 14 de diciembre de 2017 se condecoró a Guadalupe con el título de Primera Maravilla Rural 2017. A este reconocimiento se suma al certamen de “Ferrero Roche, Luce tu Pueblo” para elegir el Pueblo más Bonito y Bueno de España, otorgado de manera oficial el 16 de diciembre de 2017.

Además, Guadalupe acogió la retransmisión de las campanadas de Nochevieja 2019 a través de una cadena nacional y renombrado con el premio de Ferrero Roche y los habitantes de este pueblo recibieron una muestra de los tipos de Ferrero Roche.