• Entorno
  Como se mencionó anteriormente, SQL Server funciona mejor con .NET, mientras que MySQL se puede emparejar con casi cualquier otro idioma, generalmente con PHP. También se debe mencionar que SQL Server solía ejecutarse exclusivamente en Windows, pero esto ha cambiado desde el año pasado cuando Microsoft anunció el soporte de Linux para SQL Server. Aún así, la versión de Linux no es lo suficientemente estable, lo que significa que nuestra recomendación sigue siendo que sigas trabajando en Windows si utilizas SQL Server, y cambia a Linux si vas con MySQL.
• Sintaxis
  Para la mayoría de las personas, esta es la diferencia más importante entre los dos sistemas. Estar familiarizado con un conjunto de reglas de sintaxis sobre otro puede influir enormemente en su decisión en cuanto a qué sistema le conviene más. Si bien tanto MySQL como SQL Server se basan en SQL, las diferencias en la sintaxis siguen siendo importantes y vale la pena tenerlas en cuenta. Por ejemplo, mira el siguiente ejemplo:
  MySQL

SELECT age
FROM person
ORDER BY age ASC
LIMIT 1 OFFSET 2

SELECT TOP 3 WITH TIES *
FROM person
ORDER BY age ASC

• SQL Server es más que un RDBMS
  Una gran ventaja del software propietario frente al software de código abierto es el soporte exclusivo que recibe. En este caso particular, la ventaja se vuelve aún más profunda, ya que SQL Server está respaldado por una de las compañías tecnológicas más grandes del mundo. Microsoft ha creado herramientas adicionales para SQL Server, que vienen integradas con el RDBMS, incluidas las herramientas de análisis de datos. También presenta un servidor de informes: SQL Server Reporting Services, así como una herramienta ETL. Esto hace que SQL Server sea la navaja suiza de los RDBMS. También puedes obtener funciones similares en MySQL, pero tienes que azotar la web en busca de soluciones de terceros, lo que no es ideal para la mayoría de las personas.
• Motores de almacenamiento
  Otra gran diferencia que a veces se pasa por alto entre MySQL y SQL Server es la forma en que almacenan los datos. SQL Server usa un único motor de almacenamiento desarrollado por Microsoft, en contraste con múltiples motores en oferta para MySQL. Esto le da a los desarrolladores de MySQL mucha más flexibilidad, ya que pueden usar diferentes motores para diferentes tablas, en función de la velocidad, la confiabilidad o alguna otra dimensión. Un popular motor de almacenamiento MySQL es InnoDB, que cae en el extremo más lento del espectro, pero mantiene la confiabilidad. Otro es MyISAM.
• Cancelación de consultas
  No mucha gente sabe esto, pero una diferencia potencialmente importante entre MySQL y SQL Server es que MySQL no le permite cancelar una consulta a mitad de la ejecución. Esto significa que una vez que un comando comienza a ejecutarse, es mejor que espere que cualquier daño que pueda causar sea reversible. SQL Server, por otro lado, le permite cancelar la ejecución de consultas a mitad de camino en el proceso. Esta diferencia puede ser particularmente perjudicial para los administradores de bases de datos, a diferencia de los desarrolladores web, que ejecutan comandos con guiones que rara vez requieren la cancelación de consultas durante la ejecución.
• Costo
  Aquí es donde SQL Server se vuelve mucho menos atractivo y MySQL gana puntos importantes. Microsoft requiere que compres licencias para ejecutar múltiples bases de datos en SQL Server; hay una versión gratuita, pero solo para familiarizarte con el RDBMS. Por el contrario, MySQL usa la Licencia Pública General de GNU, lo que hace que su uso sea totalmente gratuito. Ten en cuenta, sin embargo, que si necesitas soporte o asistencia para MySQL, deberás pagarlo.
• Soporte comunitario
  Lo que nos lleva a nuestro próximo punto. Si bien puedes pagar por el soporte de MySQL, el escenario rara vez surge, debido a la contribución de la comunidad estelar y el apoyo para ello. Una ventaja de tener a la comunidad más amplia de su parte es que la mayoría de las personas no tienen que buscar ayuda oficial, pueden buscar en la web y encontrar un montón de soluciones.
• IDEs
  Es importante tener en cuenta que ambas RDMBS admiten diferentes herramientas de entorno de desarrollo integrado (IDE). Estas herramientas ofrecen un entorno coherente para el desarrollo, y debes prestar mucha atención a cuál se adapta mejor a tus necesidades. MySQL cuenta con Enterprise Manager de Oracle, mientras que SQL Server usa Management Studio (SSMS). Ambos tienen sus pros y sus contras y pueden inclinar la balanza si no tiene nada más para basar su decisión.