그러나 개혁의 방향을 둘러싸고 최영과 이성계 사이에 갈등이 발생하였다. 이런 시기에 명이 철령 이북의 땅을 요구하면서 최영의 요동 정벌론과 이성계의 4불가론이 대립하게 된다. 그러나 결국 요동 정벌 단행되고 출정하였던 이성계는 위화도에서 회군(1388)하여 정권을 장악하였다. 이후 이성계와 급진개혁파(혁명파) 사대부 세력이 집권을 하여 우왕·창왕을 폐위하고 신진 사대부의 경제적 기반을 마련해주기 위하여 과전법²⁾을 실시(1391)한 후 조선을 건국하였다.(1392)

태조(이성계)는 대답하기를 “지금 정벌하는 것에 네 가지 불가한 점이 있습니다. 작은 나라로 큰 나라를 치는 것이 첫째 불가한 것이고, 농사철에 군사를 일으킴이 둘째 불가한 것이며, 요동을 공격하게 되면 왜구에게 침입할 틈을 주게 되는데 이 점이 셋째 불가한 것입니다. 게다가 지금은 여름철이라서 비가 자주 내리므로 아교가 녹아 활이 눅고, 군사들은 질병을 앓을 것입니다. 이 점이 넷째 불가한 것입니다.”라고 하니, 우왕은 그 말을 옳다고 여겼다.

新進 士大夫는 여말에 이르러 개혁의 실시 과정에서 두 파로 나뉘어졌다. 하나는 고려 왕조의 적폐를 점진적으로 개혁하려는 온건 개혁파였고, 다른 하나는 왕조 자체를 바꾸려는 혁명파였다.

이제현, 이색, 정몽주 등을 중심으로 하는 온건 개혁파는 역성 혁명파보다 정치적 경륜이 많고 정치적 지위도 높았으며, 경제적인 기반도 안정이 되어있었다. 이들은 유학자이면서도 불교에 타협적이었고, 성리학에 대한 이해에 있어서는 理에 편중하여 관념적, 윤리적인 경향을 띄었다. 이들은 처음에는 역성 혁명파와 함께 권문 세족에 대항하였으나, 위화도 회군 이후 추진된 전면적인 전제 개혁과 역성 혁명에 반대하면서 혁명파와 분리되었다.

반면 정도전, 남은, 조준 등이 중심이 된 역성 혁명파는 온건 개혁파에 비하여 정치적 지위가 낮았으며, 경제력에 있어서도 낮았다. 따라서, 이들은 정치적, 경제적 개혁에 온건 개혁파보다 적극적이었다. 이들은 맹자의 왕도정치 사상과 민본이념(역성 혁명 긍정), 그리고 주례에 입각하여 유교적 이상국가를 건설하는 데에 큰 관심을 가지고 있었다. 이들은 성리학을 實學 또는 正學으로 자처하고, 불교를 이단으로 규정 철저히 배격하였다. 또한 성리학을 조선 시대에는 중앙 집권 체제의 확립을 위한 정치 이념으로 삼았다.

이처럼 온건파와 혁명파의 분리는 단순히 고려 왕조에 대한 자세뿐 아니라, 경제적·사회 토대와 정치적 위치(지위)가 다른데서 비롯되어 시대적 선택의 순간에서 서로의 입장을 달리 한 것이었다.

우왕 6년(1380) 8월 추수가 거의 끝나갈 무렵 왜구는 500여 척의 함선을 이끌고 진포로 쳐들어와 충청·전라·경상도의 3도 연해의 주군(州郡)을 돌며 약탈과 살육을 일삼았다. 고려 조정에서는 나세, 최무선, 심덕부 등이 나서서 최무선이 만든 화포로 왜선을 모두 불태워 버렸다. 배가 불타 갈 곳이 없게 된 왜구는 옥천, 영동, 상주, 선산 등지로 다니면서 이르는 곳 마다 폐허로 만들었다.···

이성계가 이끄는 토벌군이 남원에 도착하니 왜구는 인월역에 있다고 하였다. 운봉을 넘어온 이성계는 적장 가운데 나이가 어리고 용맹한 아지발도를 사살하는 등 선두에 나서서 독전하여 아군보다 10배나 많은 적군을 섬멸케 했다. 이 싸움에서 아군은 1,600여 필의 군마와 여러 병기를 노획하였다고 하며 살아 도망간 왜구는 70여 명 밖에 없었다고 한다.

권문 세족들의 경제적 기반의 박탈과 신진세력들의 경제 기반을 확보하여 신진 관료의 생활 기반을 보장하는 한편, 국가의 조세 수입을 확보하고 농민 생활을 보장하기 위한 것이었다.