Johnstone Stoney, en 1881, lo propuso como la unidad de carga en electroquímica y sugirió el nombre «electrón». Sin embargo, en 1897 fue descubierto por Joseph John Thomson experimentalmente, un científico británico nacido en 1856 que, además de descubrir el electrón, descubrió los primeros isótopos y fue inventor del espectrómetro de masas. Por todo esto, en 1906 fue galardonado con el Premio Nobel de Física.

Fue descubierto mediante tubos de rayos catódicos que mostraron que todos los átomos contienen pequeñas partículas subatómicas con carga negativa, llamadas electrones. Posteriormente, creó un modelo atómico, el modelo del budín de pasas, que consiste en electrones con carga negativa ("pasas") dentro de un "budín" con carga positiva.

Fue descubierto por Ernest Rutherford, un físico neozelandés. Este se dedicó al estudio de las partículas radiactivas y logró clasificarlas en alfa (α), beta (β) y gamma (γ). Halló que la radiactividad iba acompañada por una desintegración de los elementos, lo que le valió para ganar el Premio Nobel de Química en 1908.

Lo descubrió mediante un experimento que consistió en "bombardear" con un haz de partículas alfa una fina lámina de oro y observar cómo las láminas de diferentes metales afectaban a la trayectoria de dichos rayos. Siguiendo el modelo atómico de Thomson esperaba que las partículas no se desviasen , ya que los átomos tendrían carga uniformemente distribuida. Observó que esto era lo que ocurría en la mayoría de los casos ,pero algunas partículas se desviaban de su trayectoria y algunas rebotaban hacia atrás , la deducción de Rutherford fue que esto solo era posible si las partículas alfa se encontraban con corpúsculos positivos y de gran densidad.

Gracias a estos resultados propuso un nuevo modelo atómico.

Aunque el descubrimiento del protón se relacione con Rutherford hubo científicos como Eugene Goldstein que creían ya la existencia del protón, pero fueron ignorados por la comunidad de físicos.

Fue predicho teóricamente en 1920 por Ernest Rutherford para tratar de explicar que los núcleos no se desintegrasen por la repulsión electromagnética de los protones. Sin embargo, en 1932, fue Chadwick quien confirmó la existencia de una partícula neutra en el núcleo atómico, a la que llamó neutrón, de ahí a que se le relacione a él con este descubrimiento.

Chadwick fue un físico inglés nacido en 1895. Fue estudiante de Rutherford y es principalmente conocido por el descubrimiento del neutrón. Este descubrimiento fue crucial, ya que ayudó a explicar por qué los átomos tienen una masa mayor de la que se esperaría considerando solo protones y electrones. Por su descubrimiento del neutrón, Chadwick recibió el Premio Nobel de Física en 1935.