Los historiadores la ubican como el único poblado que desde antes de la Conquista se ha mantenido en el mismo lugar.

Su origen es indígena, sus primeros habitantes, indios; se fundaron en tres grandes lugares: Matagalpa o Pueblo Grande, Mologüina y Solingalpa, luego se agregaron otros poblados pequeños como Laborío y Yaguare, donde según los historiadores Matagalpa existe desde 1538, y sus habitantes estaban pendientes de los movimientos de los conquistadores.

Matagalpa ha sido asediada por mestizos que venían del Occidente a despojarlos de sus tierras, principalmente latifundistas nacionales y extranjeros, y el gobierno conservador, que despojaban de sus tierras comunales a los indios para la siembra de café.

Antes de ser gobernada y dirigida por los prefectos, fue dirigida por corregidores desde 1568 que fueron creados por la Corona española, según apuntes de Matagalpa del periodista Juan Carlos Sarmiento y los textos del matrimonio Soriano y Guerrero.

“1750. Base Militar en Matagalpa. El poblado es erigido en ‘Plaza Fuerte o Militar’, y los matagalpas fueron considerados como los indios mas desleales a Su Majestad (el rey de España)”, según informe oficial a la Capitanía General de Guatemala en el año 1743.