1. Menafsirkan dengan al-Qur’an (ayat-ayat lainnya)
Ketika membaca tafsir ini para pembaca akan sangat sering mendapatkan ayat-ayat al-Qur’an lainnya yang terkait dengan ayat yang sedang ditafsirkan. Sebab banyak didapati kondisi umum dalam ayat tertentu kemudian dijelaskan detail oleh ayat lain. Ayat-ayat itu adalah yang menurutnya dapat menopang penjelasan dan maksud ayat-ayat yang sedang ditafsirkan atau ayat-ayat yang mengandung persesuaian arti.

2. Menafsirkan dengan hadis
Metode atau langkah ini ia pakai ketika penjelasan dari ayat lain tidak ditemukan, atau jika ayat lain ada, penyajian hadis dimaksudkan untuk melengkapi penjelasan. Hal ini merupakan ciri khas tafsir Ibnu Katsir. Dalam tafsir ini, secara kuantitas banyak sekali dikutip hadis-hadis yang dianggap terkait atau dapat menjelaskan maksud ayat yang sedang ditafsirkan. Dalam konteks ini, jika menemukan banyak riwayat/hadis baik yang senada maupun tidak ia seringkali menampilkannya meskipun memakan tempat yang cukup banyak. Demikian juga secara kualitas, ia pun sering mengemukakan kritik atau penilaian terhdap hadis-hadis yang dikutipnya, meskipun tidak semuanya. Misalnya dengan menyatakan bahwa hadis tertentu sanadnya da’if, da’if jiddan, dan sebagainya. Kenyataan ini dapat dipahami karena Ibnu Katsir adalah seorang pakar hadis. 

3. Menafsirkan dengan pendapat sahabat dan tabi’in
Selanjutnya jika tidak didapati tafsir baik dalam al-Qur’an dan hadis, kondisi ini menuntutnya untuk merujuk kepada referensi sahabat. Sebab mereka lebih mengetahui karena menyaksikan langsung kondisi dan latar belakang penurunan ayat. Di samping pemahaman, keilmuan dan amal saleh mereka. Diantara pendapat para sahabat yang sangat sering ia kutip adalah pendapat Ibnu Abbas dan Qatadah.
Referensi tabi’in kemudian alternatif selanjutnya ketika tidak ditemukan tafsir dalam al-Quran, hadis dan referensi sahabat.  Namun, pendapat tabi’in dijadikan hujah bila pendapat tersebut telah menjadi kesepakatan di antara mereka, jika tidak maka ia tidak mengambilnya sebagai hujah.

4. Menafsirkan dengan pendapat para ulama
Disamping menggunakan ayat-ayat yang terkait hadis Nabi dan para sahabat dan tabi’in, Ibnu Katsir pun seringkali mengutip berbagai pendapat ulama atau mufasir sebelumnya ketika menafsirkan ayat. Berbagai pendapat yang dikutip menyangkut berbagai aspek seperti kebahasaaan, teologi, hukum, kisah/sejarah. Namun, dari sekian banyak pendapat ulama yang dikutip, yang paling sering adalah pendapat Ibn Jarir al-Thabari. Ia sangat banyak mengutip riwayat-riwayat dari periwayatan al-Thabari lengkap dengan sanadnya. Ia pun sering mengkritik atau menilai kualitas hadis yang dikutipnya itu. Dengan demikian, secara subtansial Ibnu Katsir telah melakukan perbandingan penafsiran.

5. Menafsirkan dengan pendapat sendiri
Langkah  ini biasanya ditempuh setelah ia melakukan keempat langkah di atas. Dengan menempuh langkah-langkah tersebut dan menganalisis serta membandingkan berbagai data atau penafsiran, ia sering kali mengemukakan pendapatnya sendiri pada berbagai akhir penafsiran ayat. Namun perlu diketahui bahwa langkah ini tidak semuanya dapat diterapkan pada semua ayat. Adapun untuk membedakan antara pendapatnya sendiri dengan pendapat ulama-ulama lainnya dapat diketahui dari pernyataan :”menurut pendapatku “(qultu).

2.  Tafsir yang diketahui oleh orang ramai iaitu tafsir mengenai ayat yang maknanya mudah difahami.

3.     Tafsir yang hanya boleh diketahui oleh para ulama iaitu tafsir yang merujuk kepada ijtihad yang didasarkan kepada bukti-bukti dan dalil-dalil dengan sejumlah ilmu yang berkait seperti penjelasan ayat atau perkataan yang belum jelas maknanya, pengkhususan ayat-ayat yang am dan sebagainya.

4.      Tafsir yang sama sekali idak mungkin diketahui oleh siapapun selain Allah s.w.t. Tafsir ini berkaitan perkara-perkara ghaib seperti bila berlakunya kiamat, hakikat roh dan sebagainya