Los coliformes fecales indican que de manera general, todo el Río Cuautla se encuentra fuertemente contaminado bacteriológicamente por las descargas de aguas residuales de todos los municipios debido a su deficiente desinfección.

Así lo hizo saber Juan Carlos Valencia Vargas, presidente del Consejo Consultivo de la Asociación Mexicana de Hidráulica (AHM) en Morelos, durante la presentación del Plan de Rescate del Río Cuautla.

El Río Cuautla tiene sus orígenes en las faldas del volcán Popocatépetl, a una elevación de tres mil 600 metros sobre el nivel del mar. Entre sus principales afluentes se encuentran los ríos Yecapixtla, Achichipico, barranca Santa María y la barranca La Cuera; en total, la superficie de la cuenca es de más de 975 kilómetros cuadrados, el 20 por ciento del territorio morelense, y más de 11 mil hectáreas dependen del agua de este río.
Sin embargo, uno de los mayores problemas que enfrenta este afluente es la contaminación, siendo principalmente por las descargas de aguas residuales.
"El río tiene problemas serios de contaminación ya que se han detectado más de 137 descargas de aguas negras; pero también de problemas de disminución de caudal, de invasión de zonas federales y desde luego de conflicto por el tema relacionado al agua".
En ese sentido, se presentó el Plan de Rescate del Río Cuautla, el cual fue elaborado por el Consejo de Cuenca del Río Balsas a través del Comité de Cuenca del Río Cuautla, teniendo como objetivo el convertir a este río en la columna vertebral del desarrollo de La Heroica y siete municipios más por donde atraviesa.
Este Plan contempla en primer lugar eliminar las descargas de aguas negras, captarlas y enviarlas a las plantas tratadoras de aguas residuales; posteriormente se buscará eliminar tiraderos de basura que se localizan a lo largo del río para poder construir un parque temático para que las familias puedan convivir y finalmente la instrumentación de la cuenca para medir la calidad del agua, el caudal así como para poder generar alertas ante el riesgo de una crecida.
Este plan se proyecta para los próximos cinco años y se requiere de una inversión del orden de los 20 millones de pesos, en donde 5 millones sean de recursos de los municipios, otros cinco millones del gobierno del estado y 10 millones provenientes del gobierno federal
"El Plan de Rescate del Río Cuautla busca entre otras cosas, sanear las cuencas; lograr el equilibrio entre oferta y demanda; contar con asentamientos seguros contra inundaciones; promover y eficiente la sustentabilidad del agua; conservar, preservar y mejorar los ecosistemas e impulsar una cultura del agua".