Nel 1583 la chiesa fu dichiarata cappella della Venerabile Congregazione dei Nobili di Gesù con il titolo della SS. Annunziata e affidata ai Gesuiti.

Nel 1594 la Chiesa e la Cappella vengono distrutte dall’invasione dei Turchi.  Intorno al 1600, durante una incursione saracena, venne incendiata e danneggiata.

Nel 1767 i Gesuiti vengono allontanati e la Chiesa cade in un terribile stato di abbandono per diversi anni, una noncuranza che porta diversi danni all’antica cripta.

Subisce danni anche a causa dei terremoti del 1783 e del 1908; viene ricostruita subito dopo quest’ultimo. Nel 1916, una dissennata politica urbanistica distrugge completamente la chiesa e la cripta. Si salvano solamente i mosaici del pavimento, le 4 colonne che si trovano oggi all’ingresso, l’Annunciazione dei Ciampelli datata 1597 che si trova oggi sull’altare maggiore e una tela del Mancinelli raffigurante Sant’Ignazio di Loyola e datata nel 1540. La chiesa odierna fu costruita nel 1933.

Il nuovo tempio in stile arabo-normanno è a tre navate così come il vecchio. Vi sono volte a crociera sorrette da colonne centrali. Parti delle tessere che compongono lo splendido pavimento a mosaico e le colonne mancanti sono stati completati con pezzi molto simili provenienti dalla basilica normanna di Santa Maria di Terreti, andata completamente distrutta. 

Gli Ottimati erano una congregazione di nobili fondata dai Normanni e nel tempio sono custoditi gli Stemmi dei Nobili Reggini.