Campur tangan pihak kolonial juga membawa pergeseran adat dan budaya keraton yang tidak sesuai dengan budaya nusantara.

Selain itu, dominasi Belanda telah membuat rakyat menderita karena dijadikan sebagai objek pemerasan.

Pasalnya, para petani tidak dapat mengembangkan hidupnya karena harus menjadi tenaga kerja paksa.

Sementara itu, Pangeran Diponegoro berhasil menyingkir ke Desa Selarong, di mana ia menyusun strategi perang.

Berikut ini beberapa strategi Perang jawa.

1. Merencanakan serangan ke keraton Yogyakarta dengan mengisolasi pasukan Belanda dan mencegah masuknya bantuan dari luar

2. Mengirim utusan kepada para bupati dan ulama agar bersiap melawan Belanda

3. Memilah bangsawan yang dinilai sebagai lawan dan kawan

4. Membagi wilayah perang dan pertahanan

Perang  jawa dipimpin langsung oleh Pangeran Diponegoro, yang didampingi pamannya, Pangeran Mangkubumi, Ali Basyah Sentot Prawirodirjo sebagai panglima muda, dan Kiai Mojo bersama murid-muridnya.
Tiga minggu setelah penyerbuan Tegalrejo, pasukan Diponegoro menyerang dan keraton Yogyakarta dan berhasil mendudukinya.

Keberhasilan ini kemudian disusul dengan kemenangan di beberapa daerah pada tahun-tahun awal berkobarnya Perang jawa.Selama perang, Pangeran Diponegoro menerapkan strategi perang gerilya dan perang atrisi (penjemuan).

Menghadapi perlawanan Diponegoro yang terus meluas, Jenderal de Kock sebagai pemimpin perang Belanda memutuskan untuk mengubah strategi, yaitu dengan sistem Benteng Stelsel.

Dengan strategi ini, perlawanan Diponegoro di berbagai tempat berhasil dilumpuhkan Belanda hingga ruang geraknya menjadi semakin sempit.

Selain itu, para pemimpin yang membantu Pangeran Diponegoro banyak yang tertangkap.Kendati demikian, belum ada tanda-tanda bahwa perlawanan Diponegoro akan berakhir.

Pertempuran sengit antara Belanda dan Pangeran Diponegoro baru berakhir pada 28 Maret 1830.

Kala itu, pasukan Pangeran Diponegoro dijepit di Magelang oleh Jenderal de Kock. Demi membebaskan sisa pasukannya, Pangeran Diponegoro rela menyerahkan diri.

Pangeran Diponegoro kemudian ditangkap dan diasingkan ke Makassar hingga akhir hidupnya.

Perang Diponegoro terjadi selama lima tahun dan menimbulkan dampak yang sangat besar.

Berikut ini beberapa dampak Perang Diponegoro bagi Indonesia :

1.Menelan korban tewas sebanyak 200.00 jiwa penduduk Jawa

2.Kekalahan Pangeran Diponegoro menegaskan penguasaan Belanda atas Pulau Jawa

3.Raja dan bupati Jawa tunduk kepada Belanda

Saat itu Pangeran Diponegoro serta sebagian besar pengikutnya berhasil lolos, tapi kediamannya di Tegalrejo habis dibakar. Pangeran Diponegoro bergerak ke barat hingga ke Gua Selarong di Dusun Kentolan Lor, Guwosari, Pajangan, Bantul sebagai markas besarnya. 

Perang Diponegoro melibatkan berbagai kalangan, mulai dari kaum petani hingga golongan priyayi yang menyumbangkan uang serta barang-barang berharga lainnya sebagai dana perang. Kaum pribumi yang terlibat perang dengan berbekal semangat “Sadumuk bathuk, sanyari bumi ditohi tekan pati” yang memiliki arti "sejari kepala sejengkal tanah dibela sampai mati”.

Dalam perjuangan melawan Belanda, Pangeran Diponegoro tidak sendiri, tetapi dibantu oleh Kyai Mojo yang juga menjadi pemimpin spiritual pemberontakan.

Gubernur Hindia Belanda, Godert van der Capellen mengeluarkan dekrit pada 6 Mei 1823 yang menyatakan bahwa tanah yang disewa orang Eropa dan Tionghoa wajib dikembalikan kepada para pemiliknya pada 31 Januari 1824, namun sang pemilik wajib memberikan kompensasi kepada para penyewa lahan.

Pangeran Diponegoro memutuskan untuk melakukan perlawanan agar para petani di Tegalrejo dapat membeli senjata dan makanan. Amarah Pangeran Diponegoro memuncak setelah Patih Danureja atas perintah Belanda memasang tonggak untuk membuat rel kereta api di atas makam leluhurnya.