В 1497 году родители отдали 14-летнего Мартина в францисканскую школу города Магдебурга. В то время Лютер и его друзья зарабатывали на хлеб пением под окнами набожных обывателей.

В 1501 году по решению родителей Лютер поступил в университет в Эрфурте. В те времена бюргеры стремились дать своим сыновьям высшее юридическое образование. Но ему предшествовало прохождение курса «семи свободных искусств». В 1505 году Лютер получил степень магистра свободных искусств и начал изучать юриспруденцию. В том же году он вопреки воле отца поступил в августинский монастырь в Эрфурте.

Есть несколько объяснений этого неожиданного решения. Согласно одному, угнетённое состояние Лютера вследствие «осознания своей греховности». Согласно другому, однажды он попал в сильную грозу, и впоследствии вступил в Августинский орден. За год до этого должность викария Ордена получил Иоганн Штаупиц, впоследствии друг Мартина.

В 1506 году Лютер принял монашеский обет. В 1507 году посвящён в священники.