Realizó el preparatorio (segundo ciclo secundario) de Abogacía en el Instituto Alfredo Vásquez Acevedo. En el mismo año comenzó sus estudios musicales en el conservatorio del director de orquesta y organista vasco Felipe Larrimbe (discípulo de Hilarión Eslava y Tomás Bretón), que continuará hasta 1934.

El argentino Carlos Vega fue su máximo referente en su formación como musicólogo; con quien estableció gran relación tanto de aprendizaje como de amistad.

Desde joven su vida fue muy diversa, en una confluencia entre su espíritu inquieto y una excepcional capacidad de trabajo, y con dificultades económicas que lo acompañaron casi hasta su muerte.

De 1933 a 1937 trabaja como periodista en el diario El Bien Público desempeñando su labor como crítico cultural. 

Paralelamente a su rol como docente en Enseñanza Secundaria entre los años 1937 y 1957 realiza las primeras conferencias sobre música que se extenderán durante toda su vida.

Entre los años 1937 y 1940 ingresa al Sodre como funcionario de la Discoteca Nacional, donde ocupó años más tarde el cargo de Director de Programas Radiales.

Su vínculo con el Instituto de Estudios Superiores, dirigido en ese momento por Francisco Curt Lange, le permite en corresponsabilidad con éste, la edición de los tomos II (1936) y III (1937) del Boletín Latino-Americano de Música. Es aquí, donde años más tarde inicia sus investigaciones sobre música folclórica.

 Sus primeros registros de investigación folclórica fueron publicados en el año 1943, con la colaboración de Isabel Aretz, asistente en aquel entonces de Carlos Vega.

Formó parte del semanario Marcha (fundado en el 1939, con reaparición en los años 1950/1951 y 1956/1959) y del diario el País; siendo en ambos el responsable de la crítica musical. 

En el año 1946 es creada la facultad de Humanidades y Ciencia en la cual Ayestarán fue nombrado profesor de Musicología. En este mismo año, realiza sus primeras grabaciones folclóricas en disco de acetato que luego serán hechas en cinta magnética.

En el año 1950 fue designado asesor musical del Ministerio de Instrucción Pública. En este mismo año ingresa como estudiante en la Escuela Municipal de Música, y un año más tarde en el Instituto de Profesores Artigas. 

Colabora con el cancionero popular americano que será publicado en el año 1953 por el Sodre como el volumen I de La Música en el Uruguay. Este trabajo fue premiado por por La Universidad de la República en el año 1955.

En el 1959 quedó a cargo de la cátedra de Musicología en la Facultad de Artes y Ciencias Musicales de la Universidad Católica de Buenos Aires, cargo al que debió renunciar en el año 1963 debido a un infarto agudo de miocardio.

Fue partícipe de una gran cantidad de eventos en el marco internacional en los que se pueden destacar: 

Lauro Ayestarán muere a los 53 años de edad por causa de su severa cardiopatía, el 22 de julio de 1966 en Montevideo.

A continuación compartiremos una breve reseña del historiador Daniel Vidart: (Antropólogo, Presidente de la Comisión honoraria del CDM) realizado para el “Centro Nacional de Documentación Nacional Lauro Ayestarán”, en el cual se describe no solo el perfil profesional de Lauro, sino también su calidad humana, con la que nos sentimos ampliamente identificados a la hora de ejercer nuestro rol docente y de la forma de cómo concebimos la música: “Fue Lauro un profesor eminente, claro en los conceptos, incisivo en sus definiciones, múltiple en su circulación por todos los pisos de la casa pedagógica, desde la enseñanza elemental, mucho más importante de lo que se piensa, a la superior, ejercida en la Universidad, prodigada fuera de fronteras, reconocida como excepcional en todos los casos. Hurgaba activamente en el pasado. Compró, puntualmente, en la feria de los domingos, todo tipo de partituras, desde los tangos arrabaleros hasta los valsecitos criollos, desde las veloces mazurcas hasta las producciones de los pequeños y los grandes maestros, a veces escondidas en sus amarillentos originales. El edificio musical, para cobrar carácter y sentido, necesita esos ladrillos de la mal llamada artesanía popular, porque si no sería imposible que se lucieran los vitrales de los consagrados artistas”