Pero no siempre fue así. La primera clasificación era dos reinos: el animal y el vegetal.

Con el desarrollo del microscopio se abrió la puerta a los microorganismos.

En 1856 se creó el término de Protoctistas para englobar a los organismos microscópicos simples. En el mismo tiempo se creó el término de Protistas.

Posteriormente se creó el cuarto reino Monera en el que incluyo las bacterias. En 1969 se remplazó el sistema de cuatro reinos por cinco reinos: Monera (bacterias), Protista (protozoos), Fungi (hongos), Plantae (plantas y Animalia (animales)

Más tarde a estos cinco reinos se incluyó las algas dentro del reino Protistas

En 1970  descubrió las arqueobacterias un nuevo grupo de organismos 

CLASIFICACION ACTUAL: En 1977 Woese analizaron el ARN y encontraron diferencias filogenéticas entre los organismos. Confirmaron que los procariotas incluían dos grupos diferentes: las arqueas y las bacterias.

Woese definió tres dominios de vida: Bacteria,  Archaea y Eukarya. 

DOMINIO DE LAS BACTERIAS: Las bacterias son organismos procariotas, el material genético está disperso por el citoplasma. Está constituido por una única molécula de ADN que forma el cromosoma bacteriano. La mayoría de las bacterias tienen una pared celular compuesta por peptidoglucano. Los lípidos de la membrana están unidos en forma lineal. La estructura del ARN de la subunidad menor de los ribosomas. Los ribosomas están compuestos por dos subunidades con valor de sedimentación 70 S. Tienen una capacidad externa denominada cápsula, que les brinda protección y les sirve para adherirse. Poseen un flagelo que les permite el movimiento.

DOMINIO DE LAS ARQUEAS: Las arqueas producen metano, toleran temperaturas extremas en géiseres, aguas sulfatadas hidrotermales submarinas o vivían en lagos extremadamente ácidos. Los lípidos de la membrana están unidos en forma ramificada. La estructura del ARN de la subunidad menor de los ribosomas. Los ribosomas están compuestos por dos subunidades con valor de sedimentación 70 S. Las arqueas son procariotas y su material genético está formado por una molécula circular de ADN, su membrana es monocapa, la pared celular tiene sustancias como las glucoproteínas y lipopolisacáridos. Presentan histonas, proteínas asociadas al material genético.

Dentro del dominio bacteria se reconocen a partir de su origen dos tipos fundamentales: 
Terrabacterias: Surgieron en la tierra firme, en ambientes sujetos a radiaciones hace 4.000 millones de años. Representa varios grupos de bacterias, como las bacterias verdes, las bacterias que resisten a las altas temperaturas, las bacterias rojas, las bacterias filamentosas, las bacterias sin pared celular y las cianobacterias.
Hydrobacterias: Aparecieron en el ambiente marino poco tiempo después que las terrabacterias. Incluye las bacterias purpura, las bacterias azufrosas y muchos otros grupos.
En el dominio Archaea se distinguen cuatro grupos diferentes categorizados como reinos:
Crenarqueas: Arqueas termófilas o amantes de las temperaturas elevadas y los ambientes ácidos.
Euryarqueas: Arqueas metanogenas o productoras de metano y ambientes alcalinos o salinos.
Nanoarqueas: Arqueas diminutas, de un tamaño equivalente a 0,00001 mm.
Korarqueas: Arqueas que viven en la corteza terrestre pero también en el ambiente marino.