Il Tongyong pinyin fu introdotto nel 1998 da Yu Bor-chuan (余伯泉). L'obiettivo era di preservare i punti di forza dell'Hanyu pinyin eliminando alcune delle difficoltà di pronuncia che esso presenta per i lettori internazionali, come le lettere q e x. Il sistema di Yu ha subito alcune revisioni successive.

La discussione e l'adozione del Tongyong pinyin, come molte altre iniziative a Taiwan, acquisì rapidamente un carattere partigiano legandosi alle questioni dell'identità nazionale. Le fazioni che si identificavano più fortemente con la nazione stessa, come il Partito Democratico Progressista (DPP) e i partiti alleati, non vedevano alcuna ragione per adottare l'Hanyu pinyin solo perché la Cina continentale e l'ONU l'avevano fatto. Se il Tongyong pinyin soddisfaceva più adeguatamente le necessità della nazione, la RDC aveva motivi sufficienti per adottarlo. Al contrario, le fazioni che si identificavano più strettamente con la cultura cinese, come il Kuomintang (KMT), non vedevano alcuna ragione per introdurre un nuovo sistema esclusivo per Taiwan se l'Hanyu pinyin aveva già ottenuto l'accettazione internazionale. Ciascuna parte accusava l'altra di basare la sua preferenza sul sentimento anti-cinese o pro-cinese piuttosto che su una discussione obiettiva degli obiettivi della comunità.

Alla fine di ottobre 2000 una prima proposta di usare il Tongyong pinyin come standard nazionale per la romanizzazione taiwanese fu bocciata dallo Yuan Esecutivo. Il mese seguente, però, fu ugualmente respinta anche la proposta di adottare lo Hanyu pinyin con alcune modificazioni per i dialetti locali. Il 10 luglio 2002 il Minstero dell'educazione della RDC tenne una riunione sul punto, approvando la proposta di legge per usare il Tongyong pinyin con una maggioranza assai risicata (a parte il presidente che non votava, erano presenti solo 10 dei 26 membri con diritto di voto. Nell'agosto 2002 il governò adottò il Tongyong pinyin mediante un'ordinanza amministrativa, che i governi locali avevano comunque l'autorità di scavalcare nell'ambito della loro giurisdizione. Nell'ottobre 2007, con l'amministrazione del DPP ancora al potere, fu annunciato che la RDC avrebbe standardizzato le traslitterazioni inglesi dei suoi nomi di luogo in cinese mandarino entro la fine di quell'anno, dopo anni di confusione scaturente dalle molteplici ortografie, che usavano il Tongyong pinyin sviluppato localmente.

Durante il 2008, il Kuomintang vinse sia le elezioni legislative che presidenziali. Nel settembre 2008, fu annunciato che il Tongyong pinyin sarebbe stato sostituito dall'Hanyu pinyin come standard del governo di Taiwan alla fine dell'anno. Dal 1º gennaio 2009, l'Hanyu pinyin è quindi diventato l'unico sistema ufficiale di romanizzazione nella Repubblica di Cina.