• El abuso continúo de los gobernantes de turno, que fueron los causantes de la grave situación económica del Istmo, debido a las grandes
  restricciones que imponía España, lo que llevó a una lamentable miseria.

• La Feria de Portobelo, cuya última
  versión en 1748 debilitó el papel transitivista del Istmo, causando la crisis económica que llevó al despoblamiento de las ciudades comerciales y al tránsito hacia el interior.

• La Revolución francesa, que representó una extraordinaria muestra de democracia, al abolirse la monarquía vigente y eliminarse todas las bases económicas y sociales que con ella funcionaban e
  implantarse una nueva forma de sociedad, la República.
  

• El notable debilitamiento de España a causa de las invasiones de Napoleón, lo que originó los primeros movimientos independentistas.

• Con la invasión de Napoleón Bonaparte a España en 1808, se debilitó la Corona Española, lo que provocó los diferentes procesos independentistas en América.

• El surgimiento de Napoleón Bonaparte es fundamental. Su intervención en España, las abdicaciones de Carlos IV y Fernando VII, la entrega del
  trono español a su hermano José, que
  reinó en España y las Indias con el
  título de José I; la promulgación de la
  constitución de Bayona en 1808, que reconocía la autonomía de las provincias americanas del dominio
  español; sus pretensiones de reinar sobre aquellos inmensos territorios, cuyos habitantes nunca quisieron
  aceptar los planes y designios del emperador, son elementos
  básicos para entender los movimientos de emancipación y las guerras hispanoamericanas por su
  independencia

• El surgimiento de líderes de la talla de
  Simón Bolívar, José de San
  Martín, Francisco Miranda y muchos otros, que comenzaron a plasmar las ideas revolucionarias que
  surgían de las sociedades subyugadas por la monarquía establecida en América, libertándolas y proclamando nuevas repúblicas libres e independientes.

• La Declaración de Independencia de Estados Unidos, la cual estableció un gobierno democrático, suceso que para las otras naciones
  subyugadas fue una circunstancia decisiva para su independencia.

• Las independencias o procesos independentistas dados
  en esa misma época en el Sur de
  América.

• El surgimiento del primer periódico de la historia de Panamá, La Miscelánea del Istmo, el cual comenzaba a divulgar, las opiniones políticas de
  diversos personajes revolucionarios que iban en contra del régimen español establecido en Panamá y
  también de los diferentes movimientos independentistas
  de América.

• La circunstancia de que Juan de la Cruz Mourgeon y
  Achet, viajó en octubre de 1821 al Ecuador para combatir a los rebeldes independentistas y mientras duraba su
  ausencia, el mando del Gobierno del Istmo de Panamá lo encargó al militar panameño José de Fábrega, que en ese momento desempeñaba como
  gobernador de Veraguas. Este incidente fue decisivo en las
  pretensiones independentistas de la villa de Los Santos y Panamá.

• Pero sin duda alguna, la razón más
  importante que produjo la independencia de Panamá,
  fueron los hechos del 10 de noviembre de 1821, y es que la Independencia de la Villa de Los Santos, aceleró de
  manera decisiva el proceso independentista de Panamá.

En sus primeros años como nación independiente, Panamá formó parte de la Gran Colombia, una república que incluía a Colombia, Ecuador y Venezuela. Sin embargo, la unión entre estos países fue efímera y en 1830 se separaron.

La anexión de Panamá a la Gran Colombia fue el resultado de un proceso en el que los líderes panameños buscaron unirse a un país más grande y poderoso en busca de estabilidad y protección contra posibles amenazas externas. Además, se esperaba que la unión con la Gran Colombia permitiera un mayor acceso a los mercados y fomentara el crecimiento económico de Panamá.

En este período, se promovieron políticas de integración y desarrollo económico, se establecieron instituciones gubernamentales y se fomentó la educación y la cultura. Panamá se convirtió en un importante centro comercial y se impulsó la construcción de infraestructuras como carreteras y puentes.

La etapa colombiana dejó un legado significativo en la historia de Panamá permitió establecer relaciones diplomáticas y comerciales con otros países de la región. También fue un momento de consolidación de la identidad panameña, se fortaleció el sentido de pertenencia a una nación independiente y se promovió la cultura y las tradiciones panameñas.

Por otro lado, la etapa colombiana también estuvo marcada por conflictos y tensiones políticas. Panamá se encontraba en una posición geográfica estratégica, lo que generó disputas entre los diferentes líderes políticos de la Gran Colombia. Estas tensiones finalmente llevaron a la separación de Panamá de la Gran Colombia en 1830.

Separados de la Gran Colombia, de los departamentos que conformaban las regiones del norte y sur surgieron dos nuevos países denominados Estado de Venezuela y Estado del Ecuador.

Las provincias que geográficamente ocupaban la parte central de la desintegrada Gran Colombia, que en ese entonces comprendía los antiguos departamentos de Boyacá, Cauca, Cundinamarca, Magdalena e Istmo (Panamá) decidieron formar un nuevo Estado.

Mediante el Convenio de Apulo (llevado a cabo el 28 de abril de 1831), el general Rafael Urdaneta, último presidente de la Gran Colombia, entregó el mando a Domingo Caicedo (3 de mayo de 1831). El nombre provisorio adoptado por la república granadina a partir de ese momento fue proclamado como Estado de Nueva Granada.

En algunas ocasiones, militares en el territorio istmeño, conocido como departamento del Istmo bajo el centralismo o estado Soberano de Panamá bajo el federalismo, habían intentado separarse, independizarse del gobierno colombiano o autogobernarse de facto, siendo las más importantes en 1830, 1831 y 1832; entre tanto posteriormente hubo revueltas populares en Colombia (de hecho, seis guerras civiles en 82 años). En 1840 y por un año se estableció el Estado del Istmo,21​22​ haciendo una clara constancia de que se reincorporaría a la Nueva Granada si esta adoptaba el régimen federal;23​24​25​ y durante parte de la Guerra de los Mil Días (1899-1902), conflicto civil que devastó a Colombia, nación a la que entonces pertenecía Panamá, aunque en estado de rebelión, pues muchos de sus líderes luchaban en contra del gobierno conservador y a favor del Partido Liberal Colombiano.26​27​ Entre 1846 y 1848, los gobiernos de la Nueva Granada y los Estados Unidos habían firmado el tratado Mallarino-Bilecik, con el que los Estados Unidos garantizaban la soberanía de la Nueva Granada sobre el istmo. Posteriormente en 1850 y 1868 también se desvinculó el istmo de Colombia, pero una efectiva acción colombiana con apoyo armado de Estados Unidos, restituía el territorio al país, invocando el Tratado Mallarino-Bilecik.[cita requerida] El 21 de noviembre de 1902 en la bahía de Panamá, liberales y conservadores ratificaron el fin del conflicto a bordo del acorazado Wisconsin de la Armada estadounidense, en donde se redactó y finalmente fue firmado el tratado del mismo nombre que puso fin a la guerra. La Guerra de los Mil Días dejó devastado al departamento de Panamá, donde, entre octubre de 1899 y mayo de 1902 hubo más de sesenta combates.7​ El general Victoriano Lorenzo, indígena panameño y jefe de las tropas liberales locales durante la Guerra de los Mil Días, luego de la firma del Tratado de Paz del Wisconsin, que había tenido lugar el 21 de noviembre de 1902, celebraba el 28 de noviembre de 1903, la independencia de Panamá ocurrida en 1821 con su tropa en la población de San Carlos, llegando a hacer disparos al aire algunos excombatientes y otros a dar vivas a Panamá como nación independiente, de donde se corrieron rumores de que las tropas de Victoriano Lorenzo rechazaban el tratado.

En tal circunstancia, el general Benjamín Herrera, se reunió con Lorenzo para aclarar los hechos, acordándose que con el fin de que se llevara a cabo una más exhaustiva investigación, Lorenzo quedaría a bordo de una nave fondeada en la Bahía de Panamá. Para el mes de diciembre, nada se resolvía sobre su situación e intentó escapar, siendo apresado y encarcelado esta vez en el cuartel general de las tropas colombiana. Posteriormente se llevó a cabo, ya en el mes de mayo, un juicio penal en su contra que en menos de 24 horas lo encontró culpable y lo condenó a morir fusilado al día siguiente, 15 de mayo, a pesar de que el Tratado de Paz suscrito entre las partes en conflicto a bordo del Wisconsin, prohibía la aplicación de penas a los que hubieren participado en el conflicto armado. El 25 de julio del mismo año, la imprenta que publicaba el periódico «El Lápiz» fue asaltada por orden del comandante militar de Panamá, el general José Vásquez Cobo, hermano del ministro de Guerra colombiano, como consecuencia de la narración detallada del fusilamiento y sus protestas. Este suceso contribuyó a aumentar la desconfianza de los liberales panameños hacia el régimen conservador colombiano y a que se unieran a la causa separatista.

En mayo de 1901, los Estados Unidos e Inglaterra habían firmado el tratado Hay-Pauncefote con el que se desconoció la soberanía colombiana en el istmo, al cual se le dio el estatus de “zona de importancia internacional”. El presidente José Manuel Marroquín intentó negociaciones para salvar la soberanía colombiana sobre istmo, y envió a Washington a Carlos Martínez Silva, quien poco después renunció a causa de la gravedad de la situación. Marroquín puso entonces al frente de las negociaciones a José Vicente Concha, quien se enfrentó a un hostil congreso estadounidense. En ese año, el senado de los Estados Unidos aprobó la ley Spooner, que definió que la ruta óptima de un nuevo canal era la de Panamá (y no la de Nicaragua o México), se autorizó al presidente Roosevelt a indemnizar por 40 millones de dólares a la compañía francesa dueña de los derechos, y a obtener a perpetuidad una faja de tierra de 5 km de ancho a cada lado del canal. Concha rechazó la propuesta dejando en claro que la soberanía de Colombia en el istmo no estaba en discusión, y solicitó el aumento de la suma ofrecida a Colombia para ceder a Estados Unidos la concesión del canal una vez la compañía francesa hubiese vendido sus derechos. Concha terminó renunciando a causa de la intención de Marroquín de aceptar las condiciones de los Estados Unidos, por lo que el presidente lo reemplazó por Tomás Herrán, quien aprovechó la ratificación de Alemania de construir el canal para firmar el tratado Herrán–Hay (22 de enero de 1903), con el que Estados Unidos concedió a Colombia lo que había solicitado Concha al congreso estadounidense.

La Ciudad de Panamá en 1902, año en que terminó la Guerra de los Mil Días. Este conflicto afectó el departamento de Panamá, siendo una de las causas del movimiento separatista.

El tratado Herrán–Hay fue atacado en el Senado por el expresidente Miguel Antonio Caro, principal opositor de Marroquín. Caro convenció al congreso de que el Tratado Herrán-Hay era lesivo para los intereses y la soberanía de Colombia, y logró el voto mayoritario en contra del tratado el 18 de agosto, lo que originó un escándalo mundial. Los banqueros estadounidenses, liderados por el magnate J. Pierpont Morgan, se decidieron a apoyar la independencia de Panamá y el 27 de octubre se produjo una invasión armada por Penonomé (cita). Los directores de la compañía del ferrocarril de Panamá compraron a varios líderes panameños y al general Esteban Huertas (?), jefe de la Guardia colombiana. En julio de 1903, un hermano de Alfredo Vásquez Cobo, ministro de Guerra de Colombia, el jefe militar de Panamá, José Vásquez Cobo, dio un golpe en el Istmo y depuso al gobernador, Facundo Mutis Durán. Marroquín, en vez de sancionar al golpista, nombró gobernador a José Domingo de Obaldía. El gobierno de Marroquín (quien nunca conoció el mar28​), hizo caso omiso de los rumores de separación a tal punto que el 3 de noviembre de 1903, Pablo Arosemena despachó a Marroquín un telegrama desde Ciudad de Panamá dando un parte de normalidad en el istmo. En la mañana del mismo día, un movimiento de dirigentes panameños apoyados por una gran parte de la población proclamó la independencia y constituyó la República de Panamá, la cual fue reconocida por los Estados Unidos al día siguiente y con la que establecieron relaciones el 6 de noviembre, día en que llegó a Bogotá la noticia de la separación.

El congreso fue convocado por Simón Bolívar con el objetivo de buscar la unión o confederación de los nuevos Estados americanos sobre la base de los anteriores virreinatos hispanoamericanos, en un proyecto de unificación continental, como lo había ideado el precursor de la independencia hispanoamericana Francisco de Miranda.

Asistieron al congreso la Gran Colombia, México, Perú y la República Federal de Centro América. Bolivia y Estados Unidos no llegaron a tiempo. Las Provincias Unidas del Río de la Plata y Chile no mostraron interés. Paraguay no fue invitado. El Imperio del Brasil tampoco mostró interés. Gran Bretaña envió un observador y los Países Bajos otro.​

Para Simón Bolívar, el Congreso era un sueño desde 1815 cuando dijo desde Jamaica: “¡Qué bello sería que el Istmo de Panamá fuera para nosotros lo que el de Corinto para los griegos!… Ojalá que un día tengamos la fortuna de instalar allí un augusto Congreso…”. Bajo esta perspectiva, Bolívar anhelaba el entendimiento entre todos los países y buscaba la unidad del continente. También vio el potencial de un canal de agua por Panamá, generando, junto con otros, las primeras exploraciones por nuestro territorio.

La instalación del Congreso ocurrió en medio de las conquistas independentistas en Hispanoamérica, tras la liberación del Alto Perú (actual Bolivia) por parte del propio Libertador y del Gran Mariscal de Ayacucho, Antonio José de Sucre.

La idea de Bolívar era fortalecer la cooperación entre las nuevas repúblicas y dejar atrás la destrucción y muerte que provocó la lucha por las independencias. Gravitaban sobre las nuevas naciones amenazas por las nuevas e inexpertas administraciones, anarquía interior, posibles invasiones de reconquistas europeas, la voracidad del imperio británico y de los Estados Unidos de Norteamérica, especialmente. La agenda del Congreso trató de afianzar la independencia de los nuevos Estados, incluyendo aspectos de seguridad interna y no intervención, la igualdad jurídica entre toda la nación y establecer relaciones entre los Estados mediante un Congreso plenipotenciario permanente, al igual que garantizar una reforma social sobre la base de la libertad y la paz.

El Congreso Anfictiónico de Panamá fue, a la vez, la culminación del máximo sueño de Bolívar y el comienzo de su fracaso. Esta magna asamblea debía fundamentar una gran nación que, por extensión, población y riquezas naturales jugarían un papel de primer orden en el mundo. Frente a la gran capacidad visionaria del Libertador, se opuso la mirada corta de oligarquías regionales de latifundistas y comerciantes supeditados a los capitalistas extranjeros.

Los acuerdos a los que aspiraba Bolívar en el Congreso no llegaron a feliz término por diversas razones: la juventud de las nuevas repúblicas, la ausencia de solidez económica, y problemas limítrofes. A pesar de lo anterior, el Libertador se enfocó en la creación de la Confederación de Los Andes (Colombia, Perú y Bolivia) para oponerse a la política imperialista de Estados Unidos y a las clases dominantes.

Sin embargo, a pesar de los beneficios iniciales, la unión a Colombia también trajo consigo conflictos y tensiones. La falta de inversión y desarrollo en el istmo también contribuyó a la insatisfacción de los panameños. Las diferencias políticas y económicas entre las diferentes regiones de la Gran Colombia generaron divisiones y disputas internas, que eventualmente llevaron a la separación de Panamá de Colombia en 1903.

La secesión de Panamá constituye un atentado contra la integridad político-territorial de Colombia, que fue ideado por los Estados Unidos en asociación con la oligarquía liberal istmeña de la época.

Fueron 17 los intentos separatistas panameños después de fundada la colonia, la inquietud independentista nos condujo a la separación de España. Nuestra vocación de libertad se mantuvo latente durante la época granadina.

Desmembrada la Gran Colombia quedaron unidos en un débil lazo Panamá y Colombia, unión que no fue posible mantener principalmente por la desidia y abandono del Gobierno Istmeño.

Las raíces históricas de nuestro principal recurso geográfico salieron a relucir ante el trato prepotente del Gobierno de turno que rechazó el Tratado Herrán - Hay y condenaba a Panamá a una vida ya casi tradicional de privaciones.

Junta Revolucionaria

A fin de impulsar la revolución y para asegurar sus resultados, los señores Don José Agustín Arango y el Dr. Manuel Amador Guerrero, acordaron iniciar en sus planes a otros panameños, de quienes tenían la seguridad que contribuirían, con entusiasmo, en tan noble causa, para organizar con ellos una Junta directora de la revolución, la cual quedó integrada por los siguientes caballeros: Don José Agustín Arango, Dr. Manuel Amador Guerrero, Don Carlos Constantino Arosemena, Don Nicanor A. de Obarrio, Don Ricardo Arias, Don Federico Boyd, Don Tomás Arias y Don Manuel Espinoza B.

El 3 de noviembre de 1903 tuvo lugar la proclamación de la independencia en la ciudad de Panamá, decisión que halló inmediatamente respaldo en el resto del país y los panameños de consumo declararon este territorio como un Estado independiente y soberano con el nombre de la República de Panamá.

Todo comenzó en 1821 cuando Panamá decidió independizarse de la corona española, lo cual ocasionó que se uniera a lo que se conocía como la Gran Colombia. Un país que estaba conformado por lo que ahora es Colombia, Venezuela, Ecuador y Panamá. Territorios que para ese tiempo, a pesar de formar una nación, contaban con autonomía en distintos aspectos.

Pero tiempo después en 1902, luego de haber terminado la Guerra de los Mil Días, cuyo resultado “fue muy nefasto y ocasionó un enorme descontento en la población panameña porque la mayor parte de las batallas se llevaron en su territorio, esto generó un incremento en su ideal separatista".

En 1903 Colombia y Estados firmaron el Tratado Herrán-Hay, cuya función era llevar a cabo la construcción de un canal. Pero esta idea fue rechazada por el congreso colombiano y ese rechazó molestó a los panameños, lo cual intensificó la idea separatista de la población panameña, por lo que Estados Unidos decidió apoyar su causa separatista.

A raíz de esto, el político José Agustín Arango junto a Manuel Amador Guerrero y Nicanor de Obarrio, comenzaron el plan separatista. Pero fue hasta el 13 de noviembre de 1903 que los Estados Unidos reconocieron formalmente la República de Panamá y días después lo harían Francia y otros quince países de América, Europa y Asia.