Es la encargada de diseñar, ejecutar y coordinar las políticas públicas en materia de servicios sanitarios. Lo anterior incluye elaborar los programas, planes y proyectos de asistencia social, servicios médicos y salubridad general a través del Sistema Nacional de Salud y en conformidad con lo establecido por la Ley General de Salud.

También tiene bajo su responsabilidad, administrar, operar y sostener las instalaciones médicas de nivel federal; regular y normar, los procesos y técnicas de salubridad y asistencia a las que se sujetaran instituciones de salud pública y privadas, incluyendo el IMSS y el ISSSTE; comandar la policía sanitaria en puertos, aeropuertos y pasos fronterizos; vincularse con la SAGARPA y la SEMARNAT cuando la salud animal o vegetal amenace la humana; administrar el sistema educativo vinculado a las ciencias de la salud (en coordinación con la SEP); aplicar estrategias que fomenten la cultura de la salud en todos sus ámbitos, la higiene personal y la cultura física; encabezar las campañas de salud pública destinadas a prevenir o erradicar determinados problemas sanitarios, incluyendo en esto las campañas de vacunación; vigilar los procesos destinados a cuidar la integridad física de los trabajadores en todos los sectores económicos; constituir el Consejo de Salubridad General en caso de epidemias graves, adquiriendo las facultades extraordinarias que establece la ley para el despacho y que le otorga el presidente de la república, e integrándose de forma excepcional al Consejo de Seguridad Nacional; operar el Sistema Nacional para el Desarrollo Integral de la Familia y el Instituto de Salud para el Bienestar; y fomentar la investigación científica y el desarrollo tecnológico vinculado a su área.

Tiene a su cargo coordinar al resto del gabinete y sus componentes para el cumplimiento de los lineamientos establecidos por el Presidente; vigilar el cumplimiento de los preceptos constitucionales; entregar las propuestas de ley y el informe de gobierno por escrito al Congreso de la Unión en representación del titular del ejecutivo; divulgar a través del Diario Oficial de la Federación, y otros medios de información, el contenido de las normatividades que emanen de los tres poderes de la unión; atender los asuntos de política interior conduciendo las relaciones del Poder Ejecutivo con las cámaras de Senadores y Diputados, el Poder Judicial, los gobiernos de las entidades federativas, las autoridades municipales, los órganos autónomos, y las agrupaciones políticas y de la sociedad civil; y diseñar, planear, ejecutar y coordinar las políticas públicas del gobierno en materia de protección civil, seguridad nacional, migración, instituciones de culto, juegos y sorteos, contenidos en medios de difusión y entretenimiento, e inclusión social.