El mismo nombre científico hace una diferenciación entre los dos, debido a que, la primera parte es el género y la segunda es la especie.

Como evidencias para fundamentar sus diferencias se pueden nombrar las Evidencias genéticas y morfológicas, en las cuales las expresiones fenotípicas de estas especies, es lo que los hacen diferente son:  

En relación a la forma del cráneo y mandíbula del yacaré overo, este presenta mandíbula con terminación redondeada, además su mandíbula superior se superpone a la mandíbula inferior. A diferencia del yacaré negro donde su cráneo es más grande, con una mandíbula estirada y termina en forma de punta, por lo que, sus dos mandíbulas se encastran. 

Son exclusivos de América con excepción de una especie (Alligator sinensis) que se encuentra en China, conocidos vulgarmente como aligátores y caimanes, mientras que algunas especies sudamericanas se llaman yacarés. Incluye los géneros actuales Alligator, Caiman, Melanosuchus y Paleosuchus, así como numerosos géneros extintos.

2- una hipótesis podría ser que todos tuvieron un ancestro común, con cambios en su hábitat y barreras geográficas, se fueron adaptando y modificando hasta formar especies distintas.

La evolución de las especies se produce a través de un proceso llamado especiación, que ocurre cuando una población se divide en dos o más grupos que no se aparean entre sí. Con el tiempo, las diferencias genéticas acumuladas en cada grupo pueden llevar a la formación de nuevas especies.

En el caso de los yacarés, es posible que una población ancestral se haya dividido en dos grupos geográficamente aislados, lo que llevó a la acumulación de diferencias genéticas en cada grupo. Con el tiempo, estas diferencias genéticas se volvieron lo suficientemente significativas como para que los dos grupos ya no pudieran aparearse entre sí, lo que llevó a la formación de dos especies distintas: el yacaré overo y el yacaré negro.

Otra hipótesis podríamos fundamentarla desde la evolución convergente, ambas especies descienden de ancestros diferentes, pero a lo largo de la historia evolutiva han podido adaptarse a hábitats diferentes a los de sus antecesores para parecerse a los que son propios de ciertos hábitats y así fueron desarrollando características similares, como las estructuras análogas o atavismos (rasgos que pierde un organismo perdió y luego volvieron a aparecer) .

Podemos nombrar algunas causas de la evolución convergente como: condiciones similares en el entorno, donde los organismos que tienen estructuras análogas y que no están filogenéticamente emparentados las desarrollan para poder desarrollarse en un hábitat determinado. O por nicho compartido, cuando dos especies se adaptan a un nicho particular, aunque tienen orígenes diferentes.

 

Teniendo en cuenta el concepto descrito consideramos que:

El yacaré negro y el yacaré overo se consideran especies diferentes por características morfológicas distintas, lo mismo, deriva a un aislamiento reproductivo. Por otra parte debemos destacar que ambos poseen un ancestro en común, con relación a cómo dio lugar la especiación de ambos Caimanes pertenecientes a la familia Alligatoridae, es probable que en algún momento en el pasado hubo escasez de alimento, y por ello un grupo de la especie migró hacia una isla del sitio Ramsar en busca del mismo, como resultado colonizaron la isla por haber hallado un mejor lugar para cazar variedad de peces, cangrejos, entre otros individuos. En consecuencia produciéndose un aislamiento ecológico y reproductivo. Finalmente queremos remarcar que de este aislamiento surgió el yacaré negro, ya que sufrió adaptaciones como el hocico alargado y fino, grandes dientes que facilitan la captura de presas a la hora de pescar, para lo mismo sus narinas y ojos están dispuestos en una forma mas pronunciada, lo que facilita permanecer mayor tiempo en el agua para lograr su objetivo, así también el color de su tegumento favorece al camuflaje en el agua, y a su vez, para mayor incidencia de la luz solar, ayudando a la regulación térmica. 

Concepto biológico (Mayr & Dobzhansky, 1930/40)

Desde el punto de vista del concepto biológico de especie, podemos decir que Caimán latirostris y Caimán yacare se consideran especies diferentes debido a una serie de factores:
Factores morfológicos
Yacaré Negro: hocico angosto, de aspecto esvelto que posee una llamativa serie de manchas muy oscuras en los laterales de la mandibula.
Yacaré Overo: de hocico corto y ancho. el cuerpo verde oliváceo, que posee manchas y rayas oscuras y amarillentas en el lomo.
Su distribución
Ambas especies comparten gran parte de su distribución, pero no se aparean entre sí. El Yacaré Overo llega más al sur de Argentina que el Yacaré Negro. Se ha registrado la existencia del yacaré negro en Chaco, Corrientes, Formosa y Santa fe. Mientras que el yacaré overo además llega a Entre Ríos, Misiones, Salta y Jujuy. La mayor distribución del yacaré overo dentro del país, se debe a que esta especie tiene una mayor tolerancia climática. Los yacares de ambas especies cuando comparten un nicho, se reparten el ambiente, el yacaré negro ocupa flujos de agua de menor vegetacion y accesibles. El yacaré overo ocupa ambientes de difícil acceso.
Hipótesis: Creemos que aunque compartan un nicho o un ambiente las preferencias de ambos hacen que ocupen territorios diferentes, por ejemplo, el yacaré negro ocuparía las grandes ríos o grandes flujos de agua y costas. Mientras que el yacaré overo ocuparía los brazos de los ríos, lagunas o estanques dentro de los humedales. También aunque compartan un mismo tipo de alimentación, carnívora, la preferencia del yacaré negro por los grandes ríos hace que predomine en su dieta, las palometas y los principales depredadores de este.

Hipótesis acerca del origen de ambas especies:
Un ancestro comun del yacare negro y el yacare overo ocupaba un amplio territorio en América del Sur. Una población de esta especie ocupaba un territorio que comprendía el noroeste argentino, Brasil y norte de Uruguay. La población presenta variabilidad genética, como en la forma del cráneo, el cuerpo y mutaciones en genes que intervienen en la tolerancia climática.
En individuos que se encontraban más al norte y que ocuparon los grandes ríos de ese territorio,como pueden ser: un tegumento más oscuro (les dio ventajas para pasar desapercibido dentro de los ríos), un cráneo y un hocico angosto con manchas oscuras a los laterales y una cuerpo más esbelto (les permitió quizás desplazarse mejor en el medio acuático); y por lo tanto, podría ser por eso que en su alimentación  empezaran  a predominar peces como las palometas. Todas características favorables, heredables y actuales del Yacaré Negro.
En individuos más al sur. Características como un hocico ancho, corto y fuerte (posiblemente les permitió también depredar algunos mamíferos con menor esfuerzo), un cuerpo verde oliváceo con manchas y rayas oscuras amarillentas en el lomo (les daba ventajas al camuflarse en el entorno). Estas características, además de una mayor tolerancia climática fueron heredadas a su descendencia, permitiendo que estos individuos  se separaran de la población original. Distribuyéndose más hacia el sur y norte de la Argentina, hasta Paraguay. Características actuales de los Yacaré overo.
Fueron tantos los cambios a nivel etológico, morfológico y genético de los individuos de esa población original, que ya no se podían cruzar entre sí, originando así dos especies nuevas.

Referencias:
Ciocan, Hernan. (2014). Influencia de las fluctuaciones crecientes y decrecientes de fotoperíodo sobre el crecimiento en cautiverio de juveniles de Caiman latirostris.
Piña, Carlos & Larriera, A. & Siroski, Pablo. (2004). Cocodrilos en la Región Litoral: especies, distribución geográfica, modo de vida. Insugeo Miscelanea.

Estas diferencias pueden incluir aspectos como el color y el patrón de la piel, el tamaño y la forma del cuerpo, la estructura de los dientes y otros rasgos físicos. Además, estas especies pueden tener comportamientos reproductivos diferentes, como rituales de apareamiento específicos o preferencias de hábitat distintas.

Estas diferencias genéticas y morfológicas, combinadas con la incapacidad de reproducirse entre sí de manera fértil, son los criterios utilizados para clasificar al Yacaré overo y al Yacaré Negro como especies diferentes en el Sitio Ramsar Jaaukanigás.

La explicación del origen de estas dos especies actuales a partir de un único ancestro se basa en el concepto de descendencia común. Según la teoría de la evolución, todas las especies comparten un ancestro común en algún punto de la historia evolutiva.

La idea es que a lo largo del tiempo, las poblaciones de ese ancestro común se fueron diversificando y adaptando a diferentes entornos y condiciones. Estos cambios acumulativos a lo largo de muchas generaciones llevaron a la formación de nuevas especies.

En el caso de los yacarés, el Yacaré overo y el Yacaré Negro comparten un ancestro común del cual ambos se derivan. A medida que las poblaciones de ese ancestro común se enfrentaron a diferentes presiones selectivas, como cambios en el hábitat o disponibilidad de recursos, algunas características fueron favorecidas y otras se perdieron. Esto condujo a la diferenciación genética y morfológica entre las dos especies de yacarés que vemos hoy en día.

Además de las características morfológicas, tenemos en cuenta otros aspectos para diferenciar una especie de otra como su distribución geográfica. Si bien se tiene en cuenta la dimensión espacial en la que cada especie evoluciona por separado, estas especies de Yacaré comparte su distribución en los márgenes de los ríos Pilcomayo, Bermejo, Iguazú,Paraguay-Uruguay y Paraná, variando ocasionalmente la cantidad o presencia de una sobre otra en determinados lugares. Aunque comparten su distribución, siguiendo el concepto biológico de especie, “cada especie es una comunidad reproductora de poblaciones (aislada de otras desde el punto de vista de la reproducción) que ocupa un nicho específico en la naturaleza”(Mayr & Dobzhansky, 1930/40). Es decir, que cada  especie de yacaré es capaz de reconocer los miembros de su mismo grupo para reproducirse exitosamente entre ellos, dejando descendencia viable y fértil, garantizando así que su flujo génico no se combine con el de la otra especie diferente, debido a barreras que se conocen mecanismos de aislamiento reproductivo (MAR).

2. Podemos proponer la hipótesis de que ambas especies de yacaré evolucionaron a partir de un ancestro común siguiendo el proceso especiación por divergencia - Apolátrica: las especie de yacaré negro y yacaré overo, son dos variedades de una especie anterior, esto debido a que en algún momento la población original de yacaré se vio obligada por algun evento natural a dividirse en dos poblaciones aisladas entre sí y cada una siguió su propia historia evolutiva independiente de la otra, acumulando diversos cambios generacion tras generación. Esto provocó que ambas nuevas especies se hayan hecho muy distintas en cuanto a su genética, morfología, adaptación y comportamiento, tanto que al momento de encontrarse ya no pueden entrecruzarse reproductivamente.