A infância e adolescência, marcada pelas separações familiares sempre que o pai, juiz, iniciava funções noutra colónia Portuguesa, é repartida por Portugal, Angola e Moçambique. Faz o liceu e a Universidade em Coimbra onde, a partir de 1940, integra diversos grupos de cantores estudantes acompanhados à guitarra portuguesa – o fado de Coimbra – que, deambulando pelas ruas da cidade, oferecem serenatas em frente à janela das raparigas homenageadas. Integra como cantor várias digressões da Tuna e Orfeão Académicos a Angola e Moçambique, onde impressiona pelo timbre notável e pela sua interpretação muito própria do fado clássico.

Em 1953, já casado e com dois filhos, José Afonso grava os seus dois primeiros discos na tradição do fado de Coimbra, incluindo o “Fado das Águias” da sua autoria. Em 1958 grava o disco “Baladas de Coimbra”, que marca o afastamento do fado de Coimbra e o início de uma fase musical de criação de baladas e canções de grande densidade melódica e poética, acompanhadas à guitarra clássica, como “Menino d’Oiro”. Esta nova música exprime uma frescura inovadora que logo rasga o panorama convencional e atrai a atenção da PIDE, a polícia política do estado que vigia os opositores ao regime pró-fascista de Salazar. Em 1961 grava “Balada de Outono” e termina o curso em Histórico-Filosóficas com uma tese sobre J.P.Sartre e o existencialismo.