István apja az Árpád-házból származó magyar nagyfejedelem, Géza, anyja pedig az erdélyi II. Gyula Bizáncban, keleti rítus szerint megkeresztelkedett Sarolt nevű leánya volt. István anyai nagybátyja „Ifjabb” Gyula volt, aki születése környékén költözött át a tiszántúli területeiről Erdélybe.


Születésekor a türk eredetű Vajk nevet kapta, mivel a mainzi érsek által a magyarok számára küldött térítő, Brúnó püspök ekkor már nem tartózkodott a Kárpát-medencében. László Gyula történész szerint török eredetű volt a Vajk, a név feltehetően a török hős, vezér jelentésű szóból származik. Ilyen módon a török bej szó rokona. Az eredetileg gazdag jelentésű szó a magyarban (bő) és a törökben is nemzetségfő jelentésűvé vált.

Benczúr Gyula 1875-ös Vajk megkeresztelése című munkája, amely verzió szerint Adalbert keresztelte meg

Apját, Gézát és családját, mint például az ő öccsét, Mihályt, kérésére a német-római császár, I. Ottó által 972-ben a Magyar Fejedelemségbe küldött Brúnó püspök keresztelte meg. Géza a keresztségben az István nevet kapta. Azon vita folyik, hogy fia, Vajk ekkor élt-e már. Ennek az elméletnek két tény is ellentmond. Az egyik az, hogy egyes források 975-re teszik Vajk születését, a másik pedig az, hogy ha ilyen korán áttért volna a keresztény hitre, nyugaton nem Vajkként ismerték volna még sokáig.
Szent Adalbert prágai püspök életrajza szerint ő gondoskodott István keresztény szellemű taníttatásáról, és ő volt az is, aki megkeresztelte valószínűleg 994 és 996 között. Az a tény ugyanis, hogy német földön még évtizedekkel később is Vajkként beszéltek róla, ezt a későbbi időpontot erősíti. Emellett több forrás, kútfők, a legkorábbi István-legenda, illetve egy 14. századi krónika is említi Vajk keresztelőjének nevét, Adalbertet. Névadója az első keresztény vértanú, István volt, vagy éppen Géza keresztségben kapott nevét örökölte (Sztephanosz, magyarul: István). Adalbert szerepének viszont ellentmond, hogy ő ugyan 983-tól volt prágai püspök, de ezután egy ideig ott is tartózkodott, majd 989 és 994 között Rómában élt, az aventinusi Szent Elek és Bonifác apátságban. 994-ben visszatárt Prágába, majd rövid magyarországi tartózkodása után, 995-ben újból Rómába. Így tehát nem lehet pontosan tudni, ki és mikor keresztelte meg Istvánt, de sem Brúnó és sem Adalbert nem tűnik valószínűnek. A Képes krónika szerint az Itáliából származott Deodatus gróf volt Szent István keresztapja, akit a herceg „Tatá”-nak hívott (a hagyomány szerint Tata város róla kapta nevét).