Em finais de 1807, devido à invasão de Portugal pelo exército de Junot, ocupou a ilha da Madeira, sendo promovido a Major-General em Abril de 1808. Foi transferido para o exército que desembarcou em Portugal em Agosto desse ano, chegando a Lisboa, já liberta da ocupação francesa, em Setembro. Mais tarde, comandou uma Brigada do Exército britânico que, sob o comando de John Moore, foi enviado para Espanha, tendo participado na Batalha da Corunha.
Escolhido pelo governo britânico, de acordo com o parecer do general Wellesley, para comandar o Exército português, é-lhe atribuído o posto de Marechal do Exército. A sua missão, ao contrário do que se afirma, não foi tanto a de reorganizar o exército - obra de D. Miguel Pereira Forjaz, entre Julho de 1808 e Abril de 1809 -, mas sim a de compatibilizar a organização e a táctica existentes no exército português com a britânica, permitindo uma actuação conjunta no campo de batalha. É mais tarde que os seus poderes serão alargados, por meio da Carta Régia de 18. , que lhe permitirá propor mudanças na estrutura do exército, assim como das Milícias e das Ordenanças, sem que estas tenham de passar pelo Conselho de Regência, e pelo crivo de D. Miguel Pereira Forjaz.
Com o fim da guerra em 1814 mantêm-se no comando do Exército português. Devido ao regresso de Napoleão a França em 1815, tenta organizar uma força expedicionária para se reunir ao exército britânico nos Países Baixos, que se preparava para invadir a França, não conseguindo os seus intentos devido à oposição da Regência. Viaja para o Brasil onde consegue do Rei poderes mais alargados, sendo feito Marechal-General. Devido à Revolução de 1820, é demitido das suas funções, não lhe sendo permitido desembarcar em Portugal, quando chegou a Lisboa em Outubro vindo do Brasil.
Regressou a Portugal em 1826, mas a sua pretensão de regressar ao comando do Exército não foi aceite. 

Feito comendador da Ordem de Cristo, ainda em Viena, chegou a Portugal em 1781 ingressando no regimento de infantaria de Peniche, corpo militar em que conviveu diariamente com vários membros da sua família alargada.

Subindo os postos tão rapidamente quanto possível a um oficial aristocrata, mas não o suficiente para seu gosto, tentou todos os meios para subir rapidamente na hierarquia transferindo-se para a Marinha de Guerra, tendo aproveitado a guerra da Rússia contra o Império Otomano, e a assinatura do tratado de Amizade e Aliança entre Portugal e a Rússia, para se propor voluntário para o exército russo.

Começando como major subiu rapidamente os postos do exército russo, e sendo estas promoções sempre confirmadas em Portugal, quando chegou a Portugal em 1793 já era coronel, desde 1790, do Regimento da guarnição de Lisboa, anteriormente comandado pelo marquês das Minas e que passará a ser conhecido a partir daquele momento como «de Freire».

O jovem aristocrata atacará veementemente com o propósito de criticar todos os que não eram aristocratas como ele, atacará os comandantes da artilharia que tinham conseguido ascender ao oficial ato devido aos seus estudos e à sua competência técnica, defendendo a sua falta de qualidade social, numa época, em que em toda a Europa monárquica a aristocracia tentava manter o exclusivo no acesso ao oficial ato.

Regressado a Portugal, viu a sua proposta de criação de uma Legião de Tropas Ligeiras ser posta em prática. Foi promovido a marechal de campo graduado na promoção de 1795, passando a ser conhecido no exército português, de uma forma pouco lisonjeira. Manteve-se no comando do seu regimento da guarnição de Lisboa até à guerra de 1801. Depois da guerra, de regresso a Lisboa, participou activamente na luta contra o partido realista, tentando dirigir o partido aristocrático.

Em 1807, já tenente-general, durante a primeira invasão francesa, foi encarregue do comando da divisão que defendia a margem Sul do Tejo e Setúbal, contra um ataque britânico.

Pouco trabalho teve em França. O seu único comando em campanha teve-o em 1813, durante as campanhas de libertação da Alemanha, ao ser nomeado governador de Dresde por Napoleão Bonaparte. Mais tarde com o apoio do marquês de Marialva,chegou a Lisboa em Maio de 1815.

Parece ter tido a intenção de retomar a sua política de ataque ao comando estrangeiro do exército, agora dominado por oficiais britânicos. O seu sonho, ou premonição, contada numa carta de 1815, em que vislumbra a tentativa de saída do general «Tártaro» (Beresford) de Portugal, por meio de um general «China» (Gomes Freire) que militava na Pérsia (França), mas que acaba por morrer, parece provar isso mesmo.

Acabou enforcado em frente da fortaleza de São Julião da Barra, em 18 de Outubro de 1817, após a descoberta de uma conspiração contra a regência, em que pontificava o seu primo Miguel Pereira Forjaz, a quem se tinha sempre oposto, do Rossilhão a 1808, e com quem tinha convivido desde os quartéis do regimento de Peniche. Durante a República o dia da sua morte foi feriado nacional.

Desde logo ele é considerado o salvador da Nação, tendo conseguido um imenso prestígio e aumentando as receitas portuguesas.
O seu poder incidia em criar um estado forte, que garantisse a ordem, o que não se verificava no período da Primeira República, entre 1910 a 1926.
Em primeiro lugar, Salazar, defendia a preservação de valores tradicionais tais como Deus, Pátria e Família, de modo a formar uma sociedade educada e com bons princípios de moral.
A nova Constituição foi promulgada em Abril de 1933 e pôs fim ao período da ditadura militar. Desde então, iniciou-se um novo período de ditadura a que o próprio Salazar chamou de Estado Novo..
Com este novo regime, proclamado por Salazar, o poder do Governo sobrepunha-se ao da Assembleia Nacional e o seu poder ao do Presidente da República.
O poder era de tal modo repressivo, que as liberdades individuais, de imprensa, de reunião e direito à greve foram seriamente restringidas.
A influência de Salazar dominava todos os sectores da vida portuguesa.
Os direitos dos cidadãos foram muito limitados, bem como as suas liberdades. Em 1926 tinha sido instituída a censura aos meios de comunicação social, teatro, cinema, rádio e televisão. Ela visava supervisionar todos os assuntos políticos, religiosos e militares.
A característica PIDE utilizava a tortura, física e psicológica, para obter confissões e denúncias, mandava prender, opositores ao regime, violava correspondência e invadia residências. Possuía ainda uma grande rede de informadores nas escolas, no trabalho e nos centros de convívio.
Todos estes meios do período salazarista ajudaram a consolidar o poder de Salazar e a manter a ordem. O ensino era controlado através da adopção de manuais únicos que ensinavam os valores do Estado Novo.
Assim, no tempo da ditadura Salazarista, até mesmo a mente das pessoas era influenciada pelos ideais da política. 

Actualmente, a utilização mais frequente da noção refere-se à publicação com conteúdos sensacionalistas e agravantes, distantes da ética jornalística. Trata-se de um termo depreciativo, que fala sobre a qualidade do meio em questão

O Forte de S. Julião da Barra é uma das mais imponentes edificações militares que poderemos visitar em Portugal.