Nel 1964 le nuove elezioni premiarono la Lega dei Giovani Somali ed il governo fu formato da Abdirasak Haji Husein. Shermarke tornò alla ribalta nel 1967 quando fu eletto Presidente della Repubblica Il 15 ottobre 1969 Shermarke, reo di aver esercitato una gestione governativa quasi dittatoriale, fu assassinato. Prendendo l’occasione al volo l’esercito, il 21 ottobre, si impadronì del potere e formò un nuovo governo presieduto dal generale Siad Barre. Si ebbero così numerose e sostanziali riforme che migliorarono il paese in tutti i settori, da quelli prettamente agricoli e di prima necessità a quelli culturali e sociali. Succssivamente ci furono guerre tral'Etiopia e la Somalia per prendere possesso dell'ogaden ma i due capi di stato fecero trattati di pace e fecero finire la guerra  per la Somalia nel 1990 si aprì un oscuro periodo pervaso di ribellioni e guerriglia.  Barre dovette abbandonare Mogadiscio e rifugiarsi in Nigeria Prese il comando Alì Mahdi Mohammed che però fu avversato ferocemente dal generale Mohammed Farah Aidid e da questi deposto. Queste lotte divisero in due parti lo stato: quella settentrionale controllata da Alì Mahdi e quella meridionale da Aidid. Nel dicembre 1992 le Nazioni Unite si trovarono costrette ad inviare le loro truppe per cercare di riportare la calma nel paese. in Somalia continua l’ingovernabilità. In un clima di incertezze e di difficoltà economiche e sociali, aggravate da una sempre crescente criminalità, Alì Mahdi e Aidid firmarono  una dichiarazione ufficiale di conciliazione nazionale che però non riuscì a risolvere alcun problema e le difficoltà rimasero sempre di attualità.