Ante esta tesitura, el monje alemán Lutero publicó en 1517 Las 95 tesis: un documento en el que criticaba al papa y exponía las bases para reformar la Iglesia. Se negó a retractarse en la Dieta de Worms y fue excomulgado por ello.

1. Calvino defendió que se estaba predestinado a la salvación o condena, sin importar las obras. Para evitar el pecado, los calvinistas vigilaban y censuraban a la población. Se extendió por Suiza, Países Bajos, Francia (hugonotes), Inglaterra y Escocia (puritanos).

2. En Inglaterra surge el anglicanismo cuando Enrique VIII rompe con el papa al no concederle el divorcio de Catalina de Aragón para casarse con Ana Bolena. En 1534 se publicó el Acta de Supremacía, por la cual el monarca se convierte en cabeza de la Iglesia. El anglicanismo mezcla aspectos propios, católicos y calvinistas. 

• La doctrina de la Iglesia: validez de los 7 sacramentos, primacía del papa, culto a la Virgen y los santos, indisolubilidad del matrimonio y validez de buenas obras para alcanzar la salvación. 

• Se dictan normas para evitar la mala conducta del clero, se fundan seminarios para mejorar su formación y se obliga a los obispos a residir en la diócesis. 

• Los nuevos métodos para extender la doctrina católica son: el catecismo y las escuelas.  

• Católicos: la Inquisición elaboró un índice de libros prohibidos, se condenaron los avances científicos que contradijeran el dogma y masacraron a sus oponentes como la matanza de hugonotes en la Noche de San Bartolomé en Francia en 1572. Además, se intensificó el misticismo y la devoción popular. 

• Protestantes: persiguieron a católicos, destruyeron sus imágenes y condenaron a morir en la hoguera a quienes consideraban herejes (Servet) o brujas.