Es muy posible que Henry Morgan y sus piratas hayan entrado a la ciudad cruzando el puente del Matadero y atacando el pequeño Fortín de la Natividad.

Construido sobre el río Algarrobo,Probablemente el puente se construyó inicialmente con madera y no fue hasta 1607 que se sustituyó por uno de piedra. Su nombre se debe a la existencia de un matadero en esa parte de la ciudad.  El Puente del Matadero era el punto de entrada a la ciudad y un paso obligado para dirigirse al Camino de Cruces y al río Chagres, así como a la zona agrícola del interior (Natá).  El puente se utilizó hasta 1953 como paso de vehículos y fue intervenido en varias ocasiones a lo largo del siglo XX. 

En el centro y corazón de la ciudad estaba  la Plaza Mayor, cuyo ancho era unos dos tercios (las dimensiones están planificadas) de su largo. Al costado oriental de la Plaza, se ubicaba la Catedral, hecha de cal y canto, con sus tres naves en planta de cruz latina; sus altares, cofradías y su Cabildo eclesiástico. Próximo a la Catedral, la Casa Cabildo y las Casas Reales, todavía en ruinas.

Más al norte se hallaba el Barrio Comercial, próximo al puerto de la Ensenada que cierra la Punta Judas. También la Casa de los Genoveses, centro de contratación de esclavos; los almacenes que sirven al puerto y, en este, lugares para carena y calafateo de pequeñas naves, en la Calle de los Calafates.

Los barrios residenciales estaban situados hacia el poniente de la Plaza Mayor, por las calles de la Carrera, la Empedrada y Puentezuela. Allí estaban los conventos de piedra de  la Compañía de Jesús, la Concepción, San Francisco, el Hospital de San Juan de Dios, la Merced, con sus huertas conventuales, sus religiosos, y legos, que asisten, algunos, a lejanas misiones en el Istmo, en las tierras del Guaymí y en Darién.

Finalmente, sus barrios suburbanos -Malambo y Pierdevidas-, tenían casas construidas de paja, donde se albergaba la población negra trabajadora, mano de obra esclava, en su mayoría. El aprovisionamiento de víveres venía de hatos y huertas cercanas y de pequeños centros agrícolas y ganaderos que había en el interior, en Los Santos. Así, la ciudad se nutría de la propia tierra istmeña.

A las salidas de la pequeña urbe hay dos puentes: el Puente del Rey, en el Camino Real de Portobelo, y el Puente del Matadero, que lleva al interior: a Natá. (2)