En 1907 el gobierno uruguayo le encargó la creación de un ensayo histórico sobre la figura de José Gervasio Artigas, que tendría la finalidad de aportar datos a los artistas interesados en presentarse en un concurso de creación de una escultura al prócer. Dicho ensayo fue editado finalmente en 1910 y se tituló "La epopeya de Artigas".

En primeras nupcias se casó con Elvira Blanco Sienra, hija de Juan Ildefonso Blanco y nieta del Constituyente Juan Benito Blanco, con quien tuvo seis hijos. A pocos años de la muerte de ésta, contrajo enlace con su hermana, Concepción Blanco Sienra, quien le diera diez hijos. Hoy su descendencia alcanza casi las 800 personas.

Uno de sus hijos fue el escultor José Luis Zorrilla de San Martín, quien en 1921 dirigiera la última transformación de su casa del barrio montevideano de Punta Carretas, diseñando el actual comedor con la chimenea que lleva labrado en su parte superior el escudo de los Zorrilla de San Martín donde figura el lema “Velar se debe la vida de tal suerte que viva quede en la muerte”. Entre sus descendientes se encuentran el ex diputado por San José y ex Embajador, Alejandro Zorrilla de San Martín, la actriz China Zorrilla, la vestuarista Guma Zorrilla, los pintores Alfredo Zorrilla, Enrique Zorrilla de San Martín y Miguel Herrera Zorrilla y el escritor Enrique Estrázulas, entre otros.

Bajo el gobierno de Lorenzo Batlle, convulsionado por la guerra civil, luchó temerariamente. Pensaba que la educación popular no podía cimentarse y extenderse mientras no se contara con un mínimun de libertad en la paz.

En 1874 publicó La educación del Pueblo, y en 1876 La legislación escolar, libros donde no solo buscaba demostrar la necesidad de una reforma escolar, sino también su plausibilidad. Para ello aportó datos estadísticos sobre la población del país, que manejó como argumentos de su tesis, siendo el primero en usar esta herramienta en la historia intelectual del Uruguay.

En marzo de 1876, bajo la dictadura de Latorre, asume la Dirección de la Instrucción Pública, cargo que ocupa hasta su muerte en 1879 debida a una aguda enfermedad digestiva, cuando solo tenía 34 años, en plena tarea reformista.

Su hermano Jacobo Varela se encargó de continuar con su reforma educativa.

Su primera residencia en Montevideo estaba ubicada en un solar de la calle Asilo Nº 50, que con los años pasaría a ser el Nº 3621, entre las calles Pernas y Comercio.³ Allí vivió entre 1918 y 1921, y escribió sus tres primeros libros: Las lenguas de diamante, El cántaro fresco y Raíz salvaje. Al comienzo su adaptación fue difícil porque rechazaba vivir en la ciudad. Con los años, sin embargo, terminó considerando a Montevideo como «su ciudad».En 1929 recibió el título de «Juana de América». Juana describió ese momento así:(...) un grupo de jóvenes poetas me organizó en el Salón de los Pasos Perdidos del Palacio Legislativo, una fiesta inolvidable. La presidía don Juan Zorrilla de San Martín.(...) Santiago Cozzolino, el orfebre, había cincelado el anillo de oro simbólico que me ofrecían los poetas. El ambiente era solemne, con la muchedumbre, los himnos, los delegados de toda América, y otro hombre de estatura física pequeña, pero también magnífico y grandioso: Alfonso Reyes.(...) Y a través de discursos hermosos en que la generosidad juvenil iluminaba las palabras, llegó el momento culminante, el de la entrega del anillo. El Dr. Zorrilla de San Martín fue el designado para ello y lo hizo con unas palabras breves y muy hermosas que me quedaron grabadas en el corazón: -Este anillo, señora, significa sus desposorios con América.Juana de IbarbourouEl 3 de octubre de 1947 fue elegida para sentarse en un sillón en la Academia Nacional de Letras.¹ En 1950 fue designada para presidir la Sociedad Uruguaya de Escritores. Cinco años más tarde fue premiada en el Instituto de Cultura Hispánica de Madrid por su obra. En 1959 se le concedió el Gran Premio Nacional de Literatura, otorgado ese año por primera vez.Al morir fue velada en el mismo Salón de los Pasos Perdidos en que fue nombrada «Juana de América». El gobierno del momento dispuso un día de duelo nacional y fue enterrada con honores de Ministro de Estado, siendo la primera mujer en la Historia de Uruguay a la que se le otorgó tal distinción.¹

Con su victoria militar sobre el caudillo blanco Aparicio Saravia en la guerra civil de 1904 finalizó el ciclo de enfrentamientos civiles que caracterizaron el Uruguay del Siglo XIX y se constituyó como el líder indiscutido de su partido.

Llevó a cabo reformas económicas y sociales que permitieron a Uruguay transformarse en uno de los países más estables política y económicamente de América latina. Impulsó la constitución de 1917, cuya principal característica era la de establecer un ejecutivo colegiado. Debido a la derrota electoral de 1916 y luego de negociaciones con sus oponentes políticos, el proyecto original derivó en un Poder Ejecutivo bicéfalo, formado por la Presidencia de la República y el Consejo Nacional de Administración.

Si bien fue presidente sólo durante 3 años, se lo considera la figura más gravitante e influyente en la política de su país desde su primera presidencia hasta su muerte, período que abarca más de 25 años. Los historiadores uruguayos suelen referirse a esta época como la Era Batllista. Aún hoy pueden encontrarse sectores del Partido Colorado e incluso dentro del Frente Amplio que se definen como seguidores de José Batlle y Ordóñez.¹

comprometido con Matilde Irene Pacheco Stewart en 1894, fue padre de cinco hijos: César (1885); Rafael (1887); Amalia Ana (1892); Ana Amalia (1894); y Lorenzo (1897).

En 1920, a los 63 años de edad se bate a duelo con Washington Beltrán Barbat, en el cual este último resultaría herido de muerte.

En 1929, a los 73 años, muere luego de una intervención quirúrgica producto de un tromboembolismo pulmonar.