Năm 1798, Mạc phủ Tokugawa nhận thấy cần phải chuẩn bị hệ thống phòng thủ lãnh thổ phía Bắc nhằm ngăn chặn sự xâm lược của người Nga, cũng như chiếm thế thượng phong trong việc kiểm soát Ezochi.
Tiến đến thời kỳ Minh Trị Duy Tân, không lâu sau chiến tranh Boshin năm 1868, một nhóm người trung thành với Mạc phủ Tokugawa do Enomoto Takeaki lãnh đạo đã tiến hành nổi dậy giành độc lập cho người dân Ezo.

Tháng năm năm 1869, cuộc nổi dậy này đã bị dẹp tan, Ezochi sau đó được đặt dưới quyền kiểm soát của Hakodatefu. Năm 1869, chính quyền Minh Trị thành lập Ủy ban phát triển tại Ezochi và đổi tên hòn đảo thành Hokkaido.

Từ đây, quá trình phát triển của Hokkaido chính thức bắt đầu. Trong hành trình này, người Ainu dần bị dồn vào thế yếu, buộc phải từ bỏ những phong tục, tập quán truyền thống.