În țările vorbitoare de limbă engleză, abrevierea ca Muzeul Humboldt este de asemenea folosită, dar acest lucru este înșelător deoarece există și un Muzeul Humboldt la Berlin în Castelul Tegel , care este dedicat fraților Wilhelm și Alexander von Humboldt .

De la mijlocul lunii decembrie 2015 până la începutul anului 2020, primul schelet original de Tiranosaur expus în Europa a fost prezentat temporar în împrumut de la Tristan Otto la Muzeul de Istorie Naturală . ^[4] Începând cu mijlocul anului 2021 va fi prezentat din nou într-o nouă expoziție la Muzeul de Istorie Naturală Tristan Otto.

Când Universitatea din Berlin , astăzi Universitatea Humboldt din Berlin, a fost deschisă în 1810 , colecțiile științifice și medicale au fost reunite în muzee pentru prima dată și făcute accesibile publicului. Datorită colecțiilor în continuă creștere, camerele din clădirea principală de pe Unter den Linden au devenit în curând prea mici și a fost planificată o clădire de colectare separată pe locul fostei turnătorii de fier din Invalidenstrasse . Muzeul pentru Naturkunde urma să fie clădirea centrală a unui ansamblu de clădiri format dintr-un institut de stat geologic (perioada de construcție: 1875–1878), un colegiu agricol (perioada de construcție: 1876–1880) și un muzeu de istorie naturală (perioada de construcție: 1883–1889). Conform planurilor deAugust Tiede , inițial clădire cu trei aripi a fost deschisă în 1889 și a unit trei instituții independente anterior ale Universității din Berlin: muzeul geologic-paleontologic, mineralogico-petrografic și zoologic.