DOI: 10.3390/ijms23063232

http://hdl.handle.net/10773/34660

Marçalo, R., Neto, S., Pinheiro, M., Rodrigues, A.J., Sousa, N., Santos, M.A.S., Simão, P., Valente, C., Andrade, L., Marques, A. and Moura, G.R. 2022. Evaluation of the genetic risk for COVID-19 outcomes in COPD and differences among worldwide populations. PLoS One. 17(2).e0264009. 

DOI: 10.1371/journal.pone.0264009 

DOI: 10.1155/2021/2207125. 

 

Ferreira, M., Francisco, S., Soares, A.R., Nobre, A., Pinheiro, M., Reis, A., Neto, S., Rodrigues, A.J., Sousa, N., Moura, G., Santos, M.A.S. 2021. Integration of segmented regression analysis with weighted gene correlation network analysis identifies genes whose expression is remodeled throughout physiological aging in mouse tissues. Aging, 13 (14), 18150-18190. 

DOI: 10.18632/aging.203379. 

 

Direito, I., Monteiro, L., Melo, T., Figueira, D., Lobo, J., Enes, V., Moura, G., Henrique, R., Santos, M.A.S., Jerónimo, C., Amado, F., Fardilha, M., Helguero, L.A. 2021. Protein aggregation patterns inform about breast cancer response to antiestrogens and reveal the RNA ligase RTCB as mediator of acquired tamoxifen resistance. Cancers. 13, 3196.

DOI: doi.org/10.3390/cancers13133195.

 

Bezerra, A.R., Oliveira, C., Correia, I., Guimarães, A.R., Sousa, G., Carvalho, M.J., Moura, G., Santos, M.A.S. 2021. The role of non-standard translation in Candida albicans pathogenesis. FEMS Yeast Res. 21(4), foab032. 

DOI: 10.1093/femsyr/foab032

Tavares, J.F., Davis, N.K., Poim, A., Reis, A., Kellner, S., Sousa, I., Soares, A.R., Moura, G.R., Dedon, P.C. and Santos, M. 2021. tRNA-modifying enzyme mutations induce codon-specific mistranslation and protein aggregation in yeast. RNA Biology, 18(4), 1-13. 

DOI: 10.1080/15476286.2020.1819671. 

 

Guimarães, A.R., Correira, I., Sousa, I., Oliveira, C., Moura, M., Bezerra, A.R., Santos, M.A.S. 2021. tRNA as a driving force of genome evolution in yeast. Frontiers in Microbiology, ID: 634004. 

DOI: doi.org/10.3389/fmicb.2021.634004. 

 

Castanho, T.C., Santos, N.C., Meleiro-Neves, C., Neto, S., Moura, G.R., Santos, M.A.S., Cruz, A.R., Cunha, O., Rodrigues, A.C., Rodrigues, A.J. and Sousa, N. 2021. Association of positive and negative life events with cognitive performance and psychological status in late life: a cross-sectional study in Northern Portugal. Aging Brain. 1, 100020. 

DOI: 10.1016/j.nbas.2021.100020. 

Gabriela Moura/Miguel Pinheiro Bolsa de estudo associada

MBIC genoma, MBMM

Candida albicans é um fungo normalmente comensal para os seres humanos, vivendo sem causar doença nas mucosas, pele e intestino humanos. A sua grande plasticidade genómica permite uma rápida adaptação a cada um destes nichos, que são por seu lado bastante diferentes, pelo que será de esperar que existam variantes genéticos associáveis a cada um deles. Neste projeto serão utilizadas ferramentas bioinformáticas para realizar estudos de associação à escala do genoma (GWAS) usando C. albicans como objeto de estudo, com o objetivo principal de compreender melhor como é conseguida essa adaptação.

Gabriela Moura/Miguel Pinheiro

MBIC genoma, MBMM

Se é sabido que o conjunto de genes expressos pelas células/tecidos a cada momento pode variar substancialmente, já o risco desta flutuação originar insuficiências ao nível da maquinaria de tradução não está ainda totalmente esclarecido. Neste projeto, iremos utilizar ferramentas bioinformáticas desenvolvidas in house para explorar esta hipótese, avaliando as flutuações na utilização dos diferentes codões de transcriptomas humanos relativos a patologias, por forma a detetar distorções na forma como os codões são traduzidos que possam induzir instabilidade na fidelidade da síntese proteica.

Gabriela Moura/Vasco Neves

MBIC genoma, MBMM

Com a progressiva descida dos custos de sequenciação de DNA e com o crescente conhecimento da importância do risco genético para a boa gestão de qualquer patologia (prevenção, estratificação de risco, severidade e/ou progressão, resposta ao tratamento, priorização e existência de implicações familiares), todos os países estão a elaborar estratégias para implementar a sequenciação de genomas e para majorar os seus benefícios, tanto para o indivíduo como para a comunidade. Neste contexto, o Laboratório de Medicina do Genoma está a implementar os protocolos de sequenciação de exomas completos (WES), tanto na vertente de wet-lab como na bioinformática. Com este projeto, pretende-se contribuir para este esforço, pela automatização de um pipeline para análise de dados raw de WES e extração de variantes, que possam ser utilizados depois em contexto investigacional. 

Gabriela Moura/Vasco Neves

MBIC genoma, MBMM

A relevância do microbioma para a manutenção da saúde dos seres humanos é já um dado adquirido nos dias de hoje. No entanto, sobretudo por limitações metodológicas, o conhecimento de todas as dimensões envolvidas nesta comunidade extremamente complexa é ainda muito limitado. Com a descida continuada dos custos de sequenciação do DNA, a tecnologia de shotgun metagenomics apresenta-se como a forma privilegiada de fornecer ao investigador a composição total do microbioma de cada indivíduo, e não apenas a sua comunidade bacteriana, fúngica, viral ou parasítica. Este projeto visa implementar as fundações metodológicas da metagenómica por sequenciaão total do DNA, como primeiro passo para identificar flutuações no microbioma total do intestino humano que possam informar sobre o seu estado de saúde.

DOI : 10.1016/j.arr.2020.101119. 

http://hdl.handle.net/10773/28883 

 

Vitorino, R., Guedes, S., Trindade, F., Correira, I., Moura, G., Carvalho, P., Santos, M.A.S. and Amado, F. 2020. De novo sequencing of proteins by mass spectrometry. Expert Review of Proteomics. 17, 595-607. 

DOI: 10.1080/14789450.2020.1831387. 

DOI: 10.1371/journal.pone.0209805. 

http://hdl.handle.net/10773/27628 

 

Melro, H., Gomes, J., Moura, G., Marques, A. 2018. Genetic profile and patient-reported outcomes in chronic obstructive pulmonary disease: a systematic review. PLoS One 13(6):e0198920. 

DOI: 10.1371/journal.pone.0198920. 

http://hdl.handle.net/10773/23641 

DOI: 10.1128/mSphere.00167-17. 

http://hdl.handle.net/10773/27629 

 

Bódi, Z., Farkas, Z., Nevozhay, D., Kalapis, D., Lázár, V., Csörgõ, B., Nyerges, A., Szamecz, B., Fekete, G., Papp, B., Araújo, H., Oliveira, J.L., Moura, G., Santos, M.A.S., Székely, T., Balázsi, G., Pál, C. 2017. Phenotypic heterogeneity promotes adaptive evolution. PLoS Biology, 15(5), e2000644. 

DOI: 10.1371/journal.pbio.2000644. 

http://hdl.handle.net/10773/27800 

DOI: 10.3389/fmicb.2016.00401. 

http://hdl.handle.net/10773/27803 

DOI: 10.1186/s12867-015-0050-8. 

http://hdl.handle.net/10773/27821 

 

Ragionieri, L., Vitorino, R., Frommlet, J., Oliveira, J.L., Gaspar, P., Pouplana, L.R., Santos, M.A.S., Moura, G.R. 2015. Improving the accuracy of recombinant protein production through integration of bioinformatics, statistical and mass spectrometry methodologies. FEBS Journal. 282 (4),769-787. 

DOI: 10.1111/febs.13181. 

http://hdl.handle.net/10773/27839 

DOI: 10.4161/rna.32199. 

http://hdl.handle.net/10773/27840 

DOI: 10.1073/pnas.1302094110. 

http://hdl.handle.net/10773/24428 

 

Mateus, D.D., Paredes, J.A., Español, Y., de Pouplana, L.R., Moura, G. R. and Santos, M.A.S. 2013. Molecular reconstruction of a fungal genetic code alteration. RNA Biology. 10 (6), 969-981. 

DOI: 10.4161/rna.24683. 

 

Gaspar, P., Moura, G., Santos, M.A.S. and Oliveira, J.L. 2013. mRNA secondary structure optimization using a correlated stem-loop prediction. Nucleic Acids Research. 41 (6), e73. 

DOI: 10.1093/nar/gks1473. 

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Soares, A.R., Reverendo, M., Pereira, P.M., Nivelles, O., Pendeville, H., Bezerra, A.R., Moura, G.R., Struman, I. and Santos, M.A.S. 2012. Dre-miR-2188 targets Nrp2a and mediates proper intersegmental vessel development in zebrafish embryos. PLoS ONE. 7 (6), e39417. 

DOI: 10.1371/journal.pone.0039417. 

 

Paredes, J.A., Carreto, L., Simões, J., Bezerra, A,R, Gomes, A.C., Santamaria, R., Kapushesky, M., Moura, G.R. and Santos, M.A.S. 2012. Low level mistranslations deregulate the transcriptome and translatome and generate proteotoxic stress in yeast. BMC Biology. 10 (1), 55. 

DOI: 10.1186/1741-7007-10-55. 

 

Soares, A.R., Pereira, P.M., Ferreira, V., Reverendo, M., Simões, J., Bezerra, A.R., Moura, G.R. and Santos, M.S. 2012. Ethanol exposure induces up-regulation of specific microRNAs in zebrafish embryos. Toxicological Sciences. 127 (1), 18-28. 

DOI: 10.1093/toxsci/kfs068. 

 

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http://hdl.handle.net/10773/27635 

DOI: 10.1371/journal.pone.0026817 

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http://hdl.handle.net/10773/27643 

 

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http://hdl.handle.net/10773/25318 

 

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DOI: 10.1002/sam.10104. 

http://hdl.handle.net/10773/6913 

DOI: 10.1016/j.febslet.2009.11.066 

http://hdl.handle.net/10773/27657 

DOI: 10.1016/j.mib.2009.09.004 

http://hdl.handle.net/10773/27660 

 

Soares, A.R., Pereira, P.M., Santos, B., Egas, C., Arrais, J., Moura, G.R. and Santos, M.A.S. 2009. Parallel DNA pyrosequencing unveils new zebrafish microRNAs. BMC Genomics. 10, 195. 

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Silva, R.M., Duarte, I.C.N., Paredes, J.A., Lima-Costa, T., Perrot, M., Boucherie, H., Goodfellow, B.J., Gomes, A.C., Mateus, D.D., Moura, G.R. and Santos, M.A.S. 2009. The yeast PNC1 longevity gene is up-regulated by mRNA mistranslation. PLoS One. 4, e5212. 

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http://hdl.handle.net/10773/27659 

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Silva, R.M., Paredes, J.A., Moura, G., Manadas, B., Lima-Costa, T., Rocha, R., Miranda, I., Gomes, A.C., Koerkamp, M.J.G., Perrot, M., Holstege, F.C.P., Boucherie, H. and Santos, M.A.S. 2007. Critical roles for a genetic code alteration in the evolution of the genus Candida. EMBO Journal. 26, 4555-4565. 

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http://hdl.handle.net/10773/27675 

Moura, G., Pinheiro, M., Arrais, J., Gomes, A.C., Carreto, L., Freitas, A., Oliveira, J.L. and Santos, M.A.S. 2007. Large scale comparative codon-pair context analysis unveils general rules that fine tune evolution of mRNA primary structure. PLoS One. 2, e847. 

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http://hdl.handle.net/10773/27684 

 

Gomes, A.C., Miranda, I., Silva, R.M., Moura, G., Thomas, B., Akoulitchev, A. and Santos, M.A.S. 2007. A genetic code alteration generates a proteome of high diversity in the human pathogen Candida albicans. Genome Biology. 8, R206. 

DOI: 10.1186/gb-2007-8-10-r206 

http://hdl.handle.net/10773/27664 

DOI: 10.1267/METH06020163 

DOI: 10.1186/gb-2005-6-3-r28 

http://hdl.handle.net/10773/27689 

DOI: 10.1016/j.tig.2003.12.009 

http://hdl.handle.net/10773/27691 

 

Silva, R., Miranda, I., Moura, G. and Santos, M. A. S. 2004. Yeast as a model organism for studying the evolution of non-standard genetic codes. Briefings in Functional Genomics & Proteomics. 3, 35-46. 

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http://hdl.handle.net/10773/27694 

DOI: 10.1002/yea.874 

http://hdl.handle.net/10773/27699