Po śmierci Gesselena w 1469 r. (tj. 4 lata przed narodzinami przyszłego wielkiego astronoma) w szkole przetrwał jego zbiór astronomicznych ksiąg, traktatów, rękopisów oraz tradycja nauczania astronomii na wysokim poziomie. Zatem właśnie w toruńskiej szkole Kopernik po raz pierwszy usłyszał o Słońcu, Księżycu i planetach, co rozbudzało i pogłębiało jego zainteresowania wszechświatem.

W pozostawionych przez niego rękopisach najwięcej miejsca zajmują traktaty astronomiczne i astrologiczne. W śród szeroko
 rozpowszechnionych i starych traktatów nie brakuje nowatorskich i bardzo odważnych w treści, podważających dotychczasowe stanowisko nauki. Oprócz rozważań astronomicznych rękopisy zawierają również teksty o charakterze historycznym , filozoficznym, polemicznym oraz czysto literackim. Pokaźny zasób odpisów listów wybitnego humanisty Eneasza Sylwiusza Piccolominiego, późniejszego papieża Piusa II, pozwala sądzić, że prądy odrodzenia nieobce były Gesselenowi - Robert Ruciński.

 

Osoba Konrada Gesselena pozostawała w świadomości i pamięci rodziny Koperników też w związku z tym, że dziadek Mikołaja Kopernika ze strony matki (Barbary Watzenrode) przyjaźnił się rektorem szkoły świętojańskiej, a obaj mieszkali po sąsiedzku przy ulicy św. Anny