Acredita-se que o povo Macro-jê detinham a hegemonia sobre a maior parte do atual território brasileiro, até que, por volta do ano 1000, os povos do tronco linguístico tupi, expulsando grande parte dos Macro-jês que habitavam o litoral brasileiro e forçando eles a se alojarem no interior do Brasil. Na época da chegada dos colonizadores portugueses ao litoral brasileiro, ou seja, a partir do século XVI, as únicas exceções ao domínio tupi no litoral brasileiro eram os Tremembé, os aimorés e os Goitacazes. Todos, pertencentes ao grupo linguístico Macro-jê.

Quando os portugueses chegaram ao litoral brasileiro, se depararam principalmente com tribos do grupo linguístico Macro-tupi. Os colonizadores portugueses absorveram muito da cultura Macro-tupi. Os macro-jês ofereceram grande resistência à colonização portuguesa do território brasileiro, sendo responsáveis pela morte de muitos colonos portugueses e pelo fracasso de muitas capitanias hereditárias, como a de Ilhéus, a de Porto Seguro, a do Espírito Santo e a de São Tomé. No entanto, os índios não tardaram a sucumbir perante as forças militares europeias e as doenças trazidas pelos europeus, como a varíola e o sarampo, para o qual não apresentavam qualquer resistência natural. Assim como algumas tribos tupis se aliaram aos portugueses, algumas tribos jês se aliaram aos neerlandeses, quando estes invadiram o nordeste brasileiro no século XVII. O avanço dos colonizadores portugueses sobre territórios habitados pelos índios do grupo Macro-jê, visando à plantação de cana-de-açúcar, criação de gado e exploração de minas, causou reações violentas, como por exemplo a Confederação dos Cariris, que foi uma revolta generalizada das tribos de línguas macro-jês que habitavam o nordeste brasileiro contra os portugueses, no final do século XVII e início do século XVIII. A revolta durou de 1688 a 1713 e terminou com a derrota e a quase extinção desses povos.