Το Μουσείο Μνήμης του Ολοκαυτώματος των ΗΠΑ ορίζει τα χρόνια του Ολοκαυτώματος ως το χρονικό διάστημα 1933-1945.

Η εποχή του Ολοκαυτώματος ξεκίνησε τον Ιανουάριο του 1933, όταν ο Αδόλφος Χίτλερ και το Ναζιστικό Κόμμα κατέλαβαν την εξουσία στη Γερμανία. Έληξε τον Μάιο του 1945, όταν οι Συμμαχικές Δυνάμεις νίκησαν τη ναζιστική Γερμανία στον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο. 

Το Ολοκαύτωμα αναφέρεται επίσης μερικές φορές ως "Σοά", που σημαίνει «καταστροφή» στα εβραϊκά.

Στις αρχές τού Ιουνίου 1944, ενώ οι Σύμμαχοι βομβάρδιζαν την Κέρκυρα με σκοπό τον αντιπερισπασμό για την απόβαση στη Νορμανδία, η Γκεστάπο περικύκλωσε τους Εβραίους τής πόλεως, τους έθεσε υπό προσωρινή κράτηση στο Παλαιό Φρούριο και στις 10 Ιουνίου τους εκτόπισε στο Άουσβιτς, από όπου ελάχιστοι επιβίωσαν.

Εντούτοις, περίπου διακόσιοι από τους 2.000 Εβραίους τού νησιού, οι οποίοι διέφυγαν την περικύκλωση, βρήκαν καταφύγιο στους χριστιανούς γείτονές τους και κρύφτηκαν εκεί. Είναι αξιοσημείωτο ότι μέχρι σήμερα μία από τις κύριες συνοικίες τής παλαιάς πόλης ονομάζεται Εβραϊκή σε αναγνώριση της συμμετοχής και συνεχούς παρουσίας των Εβραίων στην πόλη τής Κέρκυρας. Η Συναγωγή τής συνοικίας αυτής παραμένει ενεργός και λειτουργεί με περίπου 65 μέλη.

Οι 275 Εβραίοι τής Ζακύνθου, ωστόσο, επέζησαν από το Ολοκαύτωμα. Όταν οι γερμανικές αρχές κατοχής διέταξαν γραπτώς τον δήμαρχο να τους παραδώσει κατάλογο με τα ονόματα των Εβραίων του νησιού, ο μητροπολίτης Χρυσόστομος επέστρεψε τη διαταγή στους Γερμανούς με δύο ονόματα: το δικό του και του δημάρχου. Ο πληθυσμός τού νησιού προσέφερε καταφύγιο σε κάθε μέλος τής εβραϊκής κοινότητας.

Αρκετά χρόνια αργότερα, το 1953, όταν το νησί υπέστη καταστροφές από σεισμό, η πρώτη χορηγία βοήθειας ήλθε από το κράτος τού Ισραήλ συνοδευόμενη από το εξής μήνυμα: «Οι Εβραίοι τής Ζακύνθου δεν λησμόνησαν ποτέ τον Δήμαρχο και τον αγαπητό τους Επίσκοπο, καθώς και όσα έκαναν για εμάς».