Dopo il Piano Regolatore, inizia un susseguirsi di chiusure di stabilimenti come quello della Eternit, Italsider ecc. Il CIPE, che aveva finanziato oltre 400 miliardi di lire nei lavori di smantellamento dell’area industriale, trova l’Ilva (o Italsider) il soggetto responsabile della bonifica. Così nasce la Società Bagnoli S.P.A. per l’attuazione dei lavori, attuando sondaggi geognostici e campionamenti del sottosuolo, trovando una quantità fuori dal normale di Ferro, Manganese e Idrocarburi nel sottosuolo marino, mentre nel sottosuolo dell’area industriale, una forte presenza di metalli pesanti come piombo, arsenico ecc.

Come se non bastasse, gli ambientalisti denunciano alla procura di Napoli, la presenza di oltre 7000 tonnellate di Amianto (metallo cancerogeno) a cielo aperto, riscontrata già da una prima bonifica nell’area dell’ex Eternit e nel 1999 gli stessi ambientalisti presentano un esposto alla Procura della Repubblica denunciando il ritrovamento di Amianto occultato nel sottosuolo. Alla fine delle attività della Bagnoli S.P.A., le operazioni si limitano allo smantellamento e alla dismissione della maggior parte degli impianti. Infine le macchine e gli impianti ormai troppo vecchi per il commercio, verranno demoliti, decontaminati e spediti alle fonderie e stabilimenti siderurgici arrivando così nel 2005 alla demolizione di oltre 160.000 tonnellate di macchine e 500.000 metri cubi di opere in cemento.