В советское время в здании  церкви размещался планетарий, затем банк. В начале 2000-х годов Знаменская церковь была передана Свято-Духовскому приходу.

13 ноября 2010  года  архиепископ Нижегородский и Арзамасский Георгий совершил чин освящения храма в честь иконы Божией Матери «Знамение».

 Величественный, пятиглавый, он строился 28 лет на средства, пожертвованные арзамасцами. Собор был сооружен в память победы русского народа в Отечественной войне 1812 года. Усердием жителей Арзамаса в нем собраны многие святыни и достопримечательности. Храм украшен множеством старинных икон, образов золотого и серебряного шитья».

По преданию, резной Крест Господень был принесен в Арзамас во второй половине XVII века неким Шаянским. (по другим сведениям Кащеевым). Младший из братьев пронес весь путь из Нижнего в Арзамас пешком. 110 верст при этом не чувствовал усталости. Крест братья поставили на красном крыльце, так как внести его в дом не смогли — двери оказались узки. Во время молитвы, младший Шаянский четко увидел  необыкновенный свет, исходящий от лика Распятого Христа. Тогда, всем стало ясно, что святыня должна находиться не в мирском доме, а в храме Божием. Животворящий Крест был перенесен в церковь во имя Ильи Пророка, где он и пребывал вплоть до начала XX века.

В эпоху воинствующего безбожия главная святыня Арзамаса, как и множество других, могла бесследно исчезнуть. Но спасла ее от уничтожения, как не парадоксально, именно атеистическая пропагандистская вакханалия. В Воскресенском кафедральном соборе был устроен музей атеизма, куда большевики свозили с разоряемых храмов наиболее ценные «экспонаты» церковного «прошлого». Когда церкви стали возвращать верующим, среди икон и утвари закрывшегося музея была обретена и арзамасская святыня.

Сохранилось множество свидетельств о чудесах, происходивших и происходящих по молитвам перед Крестом Животворящим: Господь неоднократно спасал Арзамас от моровых поветрий, засухи, пожаров и других несчастий. 

Множество людей, с верою обращаясь к Спасителю, перед Его образом, получали и получают исцеления. Сохранились свидетельства о прозрении слепых, исцелении расслабленных и, особенно, об избавлении детей от различных болезней. Хранится в кафедральном соборе во славу Воскресения Христова города Арзамаса.

После закрытия монастыря в 1928 году, святыня, как и многие другие, была передана в Воскресенский собор, в котором новые власти разместили музей атеизма.

Образ Николы Можайского хранился в кафедральном соборе во славу Воскресения Христова города Арзамаса. 18 декабря 2015 года святыня была возвращена в Свято-Николаевский женский монастырь и помещена в освященном в этот же день храме во имя святителя Николая Чудотворца. 

По преданию, образ был написан для Арзамасского Троицкого мужского монастыря. Но когда икону переносили в обитель, отслужив молебен около Макарьевского Кретовоздвиженского храма, не смогли дальше сдвинуть ее с места. Увидев в этом знамение Божие, икону оставили в Крестовоздвиженском приходе, где она и находилась до революции.

После закрытия храмов Крестовоздвиженского прихода в 1929 году образ был передан в музей атеизма, разместившийся в Кафедральном соборе во славу Воскресения Христова города Арзамаса.

Сегодня в киоте иконы хранится пояс, освященный на Поясе Пресвятой Богородицы из Ватопедского монастыря на Афоне, во время посещения этой великой святыни Арзамаса в 2011 году.

Казанская икона Божией Матери хранится в кафедральном соборе во славу Воскресения Христова города Арзамаса.

Как-то в Никольский монастырь приехала одна рижская монахиня. Увидев икону, она с радостью сказала, что ее чистят ангелы, и предположила, что это образ Божьей Матери, именуемый «Избавление от бед страждущих». Тогда никто из сестер не предал этому значения и вспомнили они эти слова только летом 2001 года, когда очистилась надпись.

Каждую неделю, кроме Великого поста, пред иконой Богородицы, инемуемой «Избавление от бед страждущих» в монастыре читается акафист. Зафиксировано множество чудес по молитвам перед иконой Божией Матери, именуемой «Избавление от бед страждущих». В монастыре есть тетрадь, куда прихожане записывают свои истории чудесного избавления от недугов и бед. Кроме этого, ежегодно в обитель приходит около 3000 писем с просьбами помолиться перед этой иконой.

Образ был найден в 1997 году жителями города Арзамаса в хозяйственных постройках старинного дома и принесен в Свято-Николаевский женский монастырь. Сохранилась только центральная часть иконы, да и та вся «изувеченная»: на лике топором кто-то вырубил лицо и глаза Богородицы.

В монастыре икона обновилась за одну ночь, после того, как сестры взяли ее на крестный ход. Буквально на следующий день после обновления икона замироточила. Ее поместили в киот и повесили в нижнем приделе в честь иконы Божией Матери, именуемой «Всех скорбящих радость» Богоявленской церкви монастыря.

У образа появилось много почитателей – людей с израненными, как лик Богородицы, душами. В народе икону прозвали «Изрубленной».

Вскоре произошло еще одно чудо: после обновления красок образа над вырубленными безбожниками глазами Богородицы стали проявляться новые. Как будто невидимый иконописец тщательно выводил их своей кистью, в назидание всем, что Бог поругаем не бывает.

Икона написана в XIX веке, по преданию одним из учеников А.В. Ступина.  Начиная с 1998 года, на образе несколько раз замечали капельки благовонного мира, освидетельствовал которые епископ Балахнинский Иерофей (Соболев) (+2001).

Хранится в кафедральном соборе во славу Воскресения Христова города Арзамаса.

Хранится в кафедральном соборе во славу Воскресения Христова города Арзамаса.

Хранится в кафедральном соборе во славу Воскресения Христовагорода Арзамаса.