Moodle Lab W6 OUD: praktijktoets pBINplus Cas9 35S insert gelukt? by P3 Labvaardigheden (Padlet Account)

Moodle Lab W6 OUD: praktijktoets pBINplus Cas9 35S insert gelukt? by P3 Labvaardigheden (Padlet Account) https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0 Periode 3 vaardigheden en-us 2022-02-08 10:13:32 UTC 2024-12-02 12:42:03 UTC hello@padlet.com https://padlet.net/icons/png/1f9ec.png 4 Principe InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2035119930 Wat is het principe? Waarom werkt deze techniek?
Het principe staat niet in je labjournaal, maar tijdens de praktijktoets wordt er naar de principes achter alles wat bij dit experiment komt kijken gevraagd. Zorg dat je de kennis paraat hebt..]]> 2022-02-08 10:13:32 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2035119930 5 Voorschriften InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2035119931 Noteer in je labjournaal de benodigde voorschriften

In de opdracht tekst wordt vaak gehint naar de voorschriften. Kijk naar de opdrachttekst en kijk naar de index van de voorschriften. Als je dezelfde woorden tegenkomt zijn dat vast de benodigde voorschriften

]]> 2022-02-08 10:13:32 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2035119931 2 Doel InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2035119932 Wat is het doel van het experiment?

Noteer het doel in je labjournaal. Voor het doel staan vaak hints in de opdracht tekst

...]]> 2022-02-08 10:13:32 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2035119932 3 Verwachting InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2035119933 Noteer in je labjournaalde onderbouwde verwachting van het experiment. Onderbouw de verwachting met NEBcutter (plaatjes inplakken!)

Denk er aan dat een plasmide circulair is en lambda DNA lineair, stel NEBcutter correct in daarvoor.

Bedenk hoe een intact circulair plasmide op gel er uit ziet (supercoiling en zo), dit kan handig zijn voor interpretatie van je resultaten...

Je hebt de verwachting ook nodig om een keuze te maken uit de beschikbare enzymen. Met welke enzymcombinatie krijg je een makkelijk te interpreteren resultaat? Beschrijf ook het verwachte resultaat van je controles.

Beschrijf per monster:

Wat verwacht je dat er uit komt?

Hoe verwacht je dat het resultaat er uit ziet

...
Plak een afbeelding van een digitale voorspelling van elk monster in je labjournaal

Waarom verwacht je dat?

...

]]> 2022-02-08 10:13:32 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2035119933 9 Keuze restrictiebuffers InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2035119934 Je hebt eerder informatie opgezocht die de fabrikant beschikbaar heeft over de te gebruiken buffers. Dit heb je gedaan op een website of door een makkelijke tool te gebruiken.
Kijk in welke buffer alebei de door jou gekozen enzymen het beste werken, noteer eventuele aanbevelingen van de fabrikant.

Noteer in je labjournaal welke buffers je gaat gebruiken

]]> 2022-02-08 10:13:32 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2035119934 6 Materialen InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2035119936 Noteer in je labjournaal een tabel met de benodigde materialen

Zoek in de voorschriften en de opdracht op welke materialen nodig zijn, maak een tabel waarin je op het lab ook de fabrikant kan noteren

Materiaal, concentratie, fabrikant
... ... ...
... ... ...
... ... ...]]> 2022-02-08 10:13:32 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2035119936 15 Inzetschema gel InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2035119937 Noteer in je labjournaal het inzetschema voor de agarosegel

Het is vaak handig om van tevoren te plannen hoe je de agarosegel gaat indelen. Welk monster gaat in welk slotje? Noteer dat hier.

1:
2:
3:
4:
5:
6:
7:
8:
9:
10:
11:
12:
13:
14:
15: ]]> 2022-02-08 10:13:32 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2035119937 Praktijktoets InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2035119938 Deze week ga je de praktijktoets uitvoeren. Je gaat dan een experiment zelfstandig en alleen voorbereiden, het op het lab individueel uitvoeren en de data bespreken met de docent. Omdat de praktijktoets een toets is en individueel wordt uitgevoerd is de padlet deze week niet voor samenwerking beschikbaar, er is alleen deze padlet die je kan inzien. Tijdens de ondersteuningsdag neemt de docent het verloop van de praktijktoets met jullie door, maar gaat niet in op inhoudelijke vragen.

Tips:

Deze week staan er weinig hints in de posts, kijk goed naar de tips die er wel zijn
Kijk terug bij jouw voorbereiding van vergelijkbare experimenten, wat heb je toen waarom gedaan? Welke tips en vragen stonden er toen in de padlets?

]]> 2022-02-08 10:13:32 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2035119938 1 Praktijktoets InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2035119939 Er is Cas9 met 35S promoter in pBINplus geligeerd en je gaat controleren of dit gelukt is. Je krijgt 1 DNA monster: hier kan het gelukte plasmide pBINplusCas935S in zitten of een plasmide waarin de insertie niet gebeurd is: pBINplus plasmide.

Bepaal met dubbelrestrictie welk DNA in het epje zit.

Knip 500 ng DNA
Kies hierbij een enzym combinatie van 2 enzymen waarbij de verwachte resultaten op gel voor beide plasmides een duidelijk ander resultaat zal geven. Voorspel de resultaten van analysemonster en controles digitaal en plak de figuren van deze voorspelling in het labjournaal als onderbouwing van je verwachting. Analyseer de resultaten op het lab met behulp van agarose gelelectroforese.

Sequenties van labmda DNA of de plasmides pBINplus en pBINplusCas935S plasmide staan op moodle (bij studiemateriaal --> DNA sequenties ladders en primers)

Gebruik voorschriften uit periode 3

Bereid het experiment volledig in je labjournaal voor, het labjournaal is onderdeel van de praktijktoets

Kijk nog eens naar de informatie over hoe je een labjournaal voorbereid en gebruikt

Maak een planning

Bedenk welke controles je wilt gebruiken

Beschikbare materialen

DNA:
- Analysemonster plasmide DNA: pBINplus of pBINplusCas935S. Alleen de concentratie staat op het epje
- DNA voor controles: lambda DNA
Enzymen:
- BshTI (ook wel AgeI)
- BstUI (ook wel Bsh1236I)
- EcoRI
- SalI
Buffers:
- Buffer R
- Buffer O
- Buffer EcoRI
- Tango buffer
DNA ladders
- lambda / HinDIII DNA
- 1 kb ladder
- 100 bp ladder
- 50 bp ladder
Materialen voor agarose gelelectroforese
Waterbad of hitteblok
Standaard laboratoriumapparatuur
- Er zijn 8 EF systemen per klas (net zoals tijdens de lables),
  het kan zijn dat je even moet wachten voor je de monsters kan electroforeren.
  - Je mag pas een agarosegel gieten wanneer je restrictiemonsters staan te incuberen
  - Als je geen gel hebt wanneer je restrictiemonsters klaar zijn met incuberen kan je ze op ijs bewaren tot je een gel hebt
  - Er is tijd genoeg om op elkaar te wachten, de toets moet nog goed uitvoerbaar zijn

Maak een keuze over de te gebruiken enzymen en buffers, gebruik een digitale voorspelling van de resultaten om te onderbouwen waarom je die keuze maakt. Kies een buffer waarbij beide gekozen enzymen goed werken en gebruik de daarbij aangeraden enzymconcentraties.

Stel voor alle monsters en controles een verwachting op met behulp van in silico digestie (NEBcutter), plak de figuren in je labjournaal in en licht de verwachting in het labjournaal toe.

500 ng DNA 30 minuten knippen bij 37 oC, kies zelf de restrictie enzymen

Maak pipetteerschema's en / of voorbeeldberekeningen voor:

agarosegel
reactiemixen
verdunnen DNA
toevoegen loading dye

Voer agarose gelelectroforese uit en interpreteer het resultaat. Bedenk van tevoren of je tevreden was over hoe agarosegel resultaten er bij jou uitzagen en of je iets in de uitvoering wil aanpassen.

Vergelijk de gel met de resultaten uit NEBcutter (voor zowel de controlemonsters als het analysemonster), interpreteer wat dat betekent, trek een conclusie over de controles en het experiment als geheel

Rapporteer in je labjournaal: noteer tijdens de labdag wat er genoteerd moet worden en beschrijf resultaten en conclusie

Bespreek de resultaten en je conclusie met de beoordelaar
^{Images created with biorender.com}

]]> 2022-02-08 10:13:32 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2035119939 7 Veiligheidsmap InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2035119942 Vul de veiligheidsmap aan met informatie over chemicaliën die er nog niet in staan. Aanwezigheid en gebruik van de veiligheidsmap wordt beoordeeld tijdens de praktijktoets]]> 2022-02-08 10:13:32 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2035119942 12 Pipetteerschema agarosegel InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2035119943 Noteer het pipetteerschema en de berekeningen die je hiervoor gemaakt hebt in het labjournaal

]]> 2022-02-08 10:13:32 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2035119943 10 Keuze controles... InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2035119944 Bij elk experiment zijn controles nodig om te weten of de data van het analysemonster betrouwbaar is. Beschrijf hier welke controles je wilt maken.
Beschrijf per controle:

wat je controleert,
wat er wel of niet in het monster moet
hoe de uitkomst er uit ziet wanneer het experiment goed verloopt

...

]]> 2022-02-08 10:13:32 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2035119944 11 Monsterlijst InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2035119945 Noteer in je labjournaal welke monsters je gaat maken voor dit experiment

Behalve controles heb je ook analysemonsters.
Noteer hier een lijst met alle monsters: controle en analyse. Noteer welk monster met welk enzym geknipt wordt zodat je makkelijk kan bepalen welk monster uit welke reactiemix bereid wordt.

]]> 2022-02-08 10:13:32 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2035119945 16 Overzicht labdag / planning InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2035119946 Het kan handig zijn om een planning te bedenken om overzicht te houden over de labdag. Tijdens de praktijktoets word beoordeeld of je in detail weet wat je moet doen, of dat in je hoofd zit of op papier mag je zelf bepalen.

]]> 2022-02-08 10:13:32 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2035119946 11 Pipetteerschema reactiemixen InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2107072880 Noteer in je labjournaal pipetteerschema's voor alle benodigde reactiemixen. Noteer alle berekeningen die je daarvoor gemaakt hebt.
Elk monster waar een restrictie enzym bij moet hoort uit een reactiemix bereid worden.]]> 2022-03-22 08:58:36 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2107072880 8 Keuze restictie enzymen InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2107078681 Er zijn 4 restrictie enzymen beschikbaar, je gaat er 2 gebruiken. Kies 2 enzymen die een makkelijk te interpreteren resultaat opleveren. Gebruik NEBcutter om een keuze te maken en onderbouwen.

^{Images created with biorender.com}

]]> 2022-03-22 09:03:28 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2107078681 13 Pipetteerschema monsters bereiden uit reactiemix InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2107083598 Noteer het pipetteerschema en de berekeningen die je hiervoor gemaakt hebt in het labjournaal

Je weet de concentratie DNA van de monsters nog niet, maar kan wel een voorbeeldberekening noteren zodat je dat op het lab in 30 seconden na kan doen...

]]> 2022-03-22 09:07:13 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2107083598 14 Pipetteerschema loading dye toevoegen aan monsters InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2107084018 Noteer het pipetteerschema en de berekeningen die je hiervoor gemaakt hebt in het labjournaal

]]> 2022-03-22 09:07:33 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2107084018 Vragen InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2123233401 De docent zal niet ingaan op inhoudelijke vragen. Vragen over het verloop van de praktijktoets, de regels, de cesuur etc. worden wel beantwoord. Als je vragen hebt over hoe je voorbereiden kan aanpakken kan de docent misschien wel tips geven.]]> 2022-03-31 09:27:21 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/v647wg14115613i0/wish/2123233401