En 1967, IBM encomendó una nueva tarea a su centro de desarrollo y almacenamiento de San José (California): desarrollar un sistema sencillo y barato para cargar microcódigo en los System/370 de suscomputadoras centrales.

Los primeros disquetes utilizados en la informática fueron de 8 pulgadas de diámetro (20,32 centímetros) y podían almacenar una pequeña cantidad de datos comparados con los disquetes de 5¼ pulgadas (13,335 cm).

El primer disquete se fabricó en este formato, fue el de Alta Densidad (HD, High Density), con capacidad de 1200 KiB.

Diagrama de componentes de un disquete de 3,5 pulgadas:
(1) Agujero indicador de Alta Densidad.
(2) Eje giratorio de metal.
(3) Cubierta o lámina de metal obturadora.
(4) Carcasa de plástico.
(5) Tela de protección.
(6) Disco magnético flexible. 
(7) Sector.

Después se fabricaron disqueteras de 3½ pulgadas (8,89 cm) y disquetes de dos modelos:

La única diferencia física es que los disquetes de 720 KiB tienen un agujero en la parte trasera del disco y los de 1440 KiB tienen dos agujeros en el disco.

Hay otros disquetes, como los cuádruples de Densidad Extra (ED, Extra Density) que llegan hasta 2880 KiB (llamados «2,88 MB»).

Véase también: Disco magneto-óptico

No obstante, estos medios de almacenamiento siguen siendo de una gran utilidad como discos de arranque en caso de averías o emergencias en el sistema operativo principal o el disco duro, dado su carácter de estándar universal que en los IBM PC compatibles no necesita ningún tipo de controladora adicional para ser detectados en el proceso de carga por la BIOS y dado que, a diferencia del CD-ROM, es fácilmente escribible. Lo que, en situaciones de emergencia, los convierte en un sistema altamente fiable, básico y difícilmente sustituible. Las PC aún incluyen en sus BIOS lo necesario para el uso del disquete en caso de ser instalada una unidad, no obstante muchas marcas de PC a partir de 1997 han comenzado a incluir arranque por CD/DVD, así como por medio de unidades externas arrancables que pudiesen ser discos duros removibles,⁴​ Memorias USB y otros medios que posean alguna información de arranque, y en las netbooks al prescindir de unidades externas como CD/DVD Hacen uso extensivo de un arranque por USB O tarjeta de memoria según el fabricante.

Cabe destacar que, en la actualidad, hay quienes consiguen «hackear» varias disqueteras para que muevan sus cabezales, produciendo ciertos sonidos con diferente tono según el movimiento realizado. Combinando muchas disqueteras se pueden generar canciones.

También fue usado en la industria de los videojuegos, cuando Nintendo hizo un formato propio de disquete, parecido al actual de 3½", para usar con un periférico diseñado para la consola Famicom llamadoFamicom Disk Drive. No obstante, solo se lanzó en Japón. También se vendían disquetes en blanco, para grabar juegos en la calle, mediante máquinas automáticas instaladas en algunos lugares de Japón.

Con la llegada de la década de los noventa, el aumento del tamaño del software hizo que muchos programas se distribuyeran en conjuntos de disquetes. Hacia mediados de los noventa, la distribución del software fue migrando gradualmente hacia el CD-ROM, y se introdujeron formatos de copias de seguridad de mayor densidad, como los discos Zip de Iomega. Asimismo, en grandes, medianas e incluso pequeñas empresas, las copias de seguridad empezaron a efectuarse de manera sistemática en cintas magnéticas de alta capacidad y muy bajo costo, como cintas de audio digitales (DAT) o streamers. Con la llegada del acceso total a la Internet, de las redes Ethernet baratas y de las memorias flash o USB de bajo costo, los disquetes han dejado ser necesarios para la transferencia rápida de datos.

Disquetera de 3½"

La aparición y comercialización en gran escala de unidades grabadoras de discos ópticos y compactos, y de unidades de CD grabable y regrabable (CD-R/CD-RW), el abaratamiento exponencial y progresivo de sus costos de producción y precios de venta al consumidor, y su introducción paulatina y posterior generalización en la mayoría de ordenadores personales y de hogares, así como la innovación de nuevos formatos y estándares (CD de 80 minutos, de alta densidad, DVD, DVD de doble cara o doble capa, HD DVD, Blu-Ray, etc.) que poco a poco van multiplicando la capacidad y velocidad de almacenamiento, han permitido la sustitución paulatina de los engorrosos sistemas de cinta magnética por accesibles y rápidos sistemas de disco óptico como soporte principal y generalizado de copias de seguridad. Un intento a finales de los noventa (sin éxito en el mercado), de continuar con los disquetes fue el SuperDisk (LS-120), con una capacidad de 120 MB (en realidad 120,375 MiB⁵​), siendo el lector compatible con los disquetes estándar de 3½ pulgadas.

La clave de este desplazamiento progresivo está en el mayor coste por bit de la superficie magnética frente a la superficie de un medio óptico, su mayor fragilidad ya que necesitan ser protegidos del contacto con el exterior, del polvo, la luz, cambios de humedad y temperatura, electricidad estática, mediante sobres protectores o cierres herméticos al vacío.

Sin embargo, muchos fabricantes se niegan a suprimir la disquetera de sus equipos personales por razones de compatibilidad y porque los departamentos de la tecnología de la información de muchas empresas aprecian un mecanismo de transferencia de archivos integrado que siempre funcionará correctamente sin requerir de ningún tipo de controlador de dispositivo, en inglés device driver (más allá del propio BIOS). Apple Computer fue el primer fabricante que eliminó la disquetera en uno de sus ordenadores con el modelo iMac en 1998, y Dell hizo que la disquetera fuera opcional en algunos de sus modelos en 2003. Asimismo, muchos equipos, a 2015, tienden a proveerse, por omisión, sin una unidad de disco flexible instalada, aunque esta puede incluirse como opcional en todo momento, al seguir habiendo soporte en algunas placas base actuales ATX y en su correspondiente BIOS. Sin embargo, hasta la fecha (2015), algunas placas madres tiene aún estas características, por lo que todavía no han marcado del todo el fin de los disquetes como medio popular de almacenamiento e intercambio de datos.