Poco dopo, la notte di natale del medesimo anno Napoleone, la moglie ed il suo seguito scamparono miracolosamente ad un attentato dinamitardo scatenatosi in Rue saint-Nicaise a Parigi, mentre si recavano all'Opera. Napoleone ne approfittò per mettere fuori legge i giacobini, molti dei quali vennero esiliati in Guyana, e disperdere i monarchici.L'opposizione non demordeva e, oltre a un'intensa attività libellistica, si ebbe notizia di attentati in preparazione contro di lui. Infatti egli era odiato sia dai giacobini, che dopo le misure di riconciliazione nazionale, come l'amnistia generale e il diritto al rientro per i nobili emigrati per scampare al terrore, temevano volesse restaurare la monarchia, sia dai realisti, che lo consideravano come l'usurpatore del legittimo sovrano LuigiXVIII. Nel marzo 1804, per dare un segnale forte ai Borbone, che ancora complottavano per ritornare sul trono francese, Napoleone fece catturare a Ettheneim, cittadina dello stato dei Baden situata presso il confine francese, il duca di Enghien, legato alla famiglia reale esiliata, che fu ingiustamente accusato di cospirazione contro il Primo Console e fucilato subito dopo. L'evento destò l'indignazione di tutte le corti europee per l'arrogante violazione della sovranità di uno stato estero da parte della Francia e per la sorte riservata al povero duca, e conferì un'ombra negativa all'immagine europea del Bonaparte, alla quale invece l'allora Primo Console teneva moltissimo. Il generale Moreau, implicato nel complotto realista ma idolo dei giacobini, venne invece condannato a soli due anni di carcere, successivamente condonati con la possibilità di espatriare negli Stati Uniti, da dove però Moreau ritornerà nel 1813 per unirsi all'esercito russo e morire durante la battaglia di Dresda