Segundo pesquisas, o bioma possui aproximadamente 1.000 espécies de borboletas, 650 de aves, 120 de mamíferos, 260 de peixes e o 90 de répteis. 

A origem do Pantanal não é, como se pensava, resultado da separação do oceano há milhões de anos. Todos os geólogos concordam que não há ali indícios da presença do mar, e um dos que melhor conhecem a região, Fernando Flavio Marques de Almeida, diz que ele representa uma área que se abateu por falhamentos de blocos durante o período Terciário.^[4] Animais que estão presentes no mar também existem no pantanal, formando o que se pode chamar de mar interior. A área alagada do pantanal se deve a lentidão de drenagem das águas que fluem lentamente, pela região do médio Paraguai, num local chamado de Fecho dos Morros do Sul. Atraído pela existência de pedras e metais preciosos (que eram usados por indígenas, que já povoavam a região, como adornos), entre eles o ouro, o português Aleixo Garcia, em 1524, acabou sendo o primeiro a visitar o território, e alcançou o rio Paraguai através do rio Miranda, atingindo a região onde hoje está a cidade de Corumbá. Nos anos de 1537 e 1538, o espanhol Juan Ayolas e seu acompanhante Domingos Martínez de Irala seguiram pelo rio Paraguai e denominaram Puerto de los Reyes à lagoa Gayva. Por volta de 1542-1543, Álvaro Nunes Cabeza de Vaca (espanhol e aventureiro) também passou pelo local para seguir para o Peru.^{[carece de fontes]}

Entre 1878 e 1930, a cidade de Corumbá tornou-se o principal eixo comercial e fluvial no Mato Grosso (antes da divisão dos estados, ocorrida em 1977). Depois acabou perdendo sua  importância para as cidades de Cuiabá e Campo Grande, iniciando assim um período de decadência econômica.