Los principales actores ilegales en el conflicto armado han sido las guerrillas, como las FARC (Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia) y el ELN (Ejército de Liberación Nacional), así como los grupos paramilitares y, en años recientes, las bandas criminales (BACRIM).

FARC: Fundadas en 1964, las FARC se autodefinieron como un grupo guerrillero que luchaba por los derechos de los campesinos. A lo largo de los años, se involucraron en actividades ilícitas como el narcotráfico y el secuestro para financiar sus operaciones.

ELN: Este grupo guerrillero, formado también en los años 60, sigue activo. Sus acciones se han centrado en actividades como los secuestros y los atentados, y su ideología está basada en una combinación de marxismo-leninismo y teología de la liberación.

Paramilitares: Surgieron en los 80 como respuesta a la guerrilla, financiados por terratenientes y narcotraficantes. Cometieron numerosas violaciones de derechos humanos, incluidos masacres y desplazamientos forzados.

Desplazados: Más de 7 millones de personas han sido desplazadas debido al conflicto.

Secuestros y Muertes: Miles de personas han sido secuestradas y asesinadas, afectando tanto a civiles como a miembros de las fuerzas de seguridad.

Economía: El conflicto ha afectado la economía rural, con muchas zonas agrícolas devastadas y sin posibilidad de producir debido a la violencia.

Víctimas Civiles: La población civil ha sido la más afectada, con innumerables víctimas que incluyen desplazados, víctimas de minas antipersona y reclutamiento forzado.

Violencia de Género: Las mujeres y niñas han sido víctimas de violencia sexual, utilizada como arma de guerra.

Niños Soldados: Miles de menores de edad han sido reclutados por grupos armados para luchar o servir como informantes y guías.

San Juan de Arama, debido a su ubicación geográfica en los Llanos Orientales y su cercanía a zonas selváticas, se convirtió en un punto clave para el control territorial de las FARC. El municipio fue usado como corredor estratégico para el narcotráfico, lo que hizo que fuera escenario de constantes combates entre los insurgentes y el ejército. Además, la guerrilla utilizó esta área para reclutamiento forzado y como refugio de sus líderes.

FARC en la zona: Durante las décadas de los 80 y 90, las FARC mantuvieron una fuerte presencia en el Meta, incluidas varias zonas rurales de San Juan de Arama. Realizaron secuestros, extorsiones y ataques a la infraestructura pública, como torres de energía y carreteras.

Paramilitares: Los grupos paramilitares también ingresaron a la región con la intención de combatir a las guerrillas y tomar control de áreas productivas, lo que derivó en masacres y desplazamientos masivos.

Hoy en día se siguen presenciando esos grupos armados, y aunque el impacto no sea igual de grande que hace unos años, sigue habiendo esa problemática social, tanto en San Juan como en otros municipios del meta y en muchas zonas del país.