En 1823, debido a la falta de dominio político y administrativo de las autoridades yucatecas, Guatemala se anexó los 36,033 kilómetros cuadrados del distrito de Petén Itzá. Entre 1840 y 1848 lucharon por el poder en Yucatán, Miguel Barbachano y Santiago Méndez Ibarra; aquél se proponía mantener la unidad con México y éste postulaba el separatismo. 

El 30 de julio de 1847 estalló en Tepich la rebeIión de los mayas que habría de durar 55 años, aun cuando los problemas de fondo que la originaroncontinuaría siendo motivo de inquietud hasta 1937.

El 21 de febrero de 1848, una vez que habían tomado Peto, Valladolid, Izamal y otros 200 pueblos, los indígenas, al mando de Venancio Pec, asaltaron Bacalar, dando muerte a la mayoría de sus habitantes. Sólo pudieron salvarse quienes en la oscuridad huyeron hacia la colonia de Belice, instalándose en la población de Corozal y en sus vecindades.

24 de enero de 1850 hubo otro intento de negociar la paz: Florentino Chan y Venancio Pec, en carta que enviaron desde Cruzchén, pidieron que los indios retuvieran sus armas, que se les dejaran sus tierras y que al volver a sus pueblos nombraran sus propias autoridades para gobernarse y hacer justicia.

Bacalar permaneció en poder de los mayas hasta el 22 de marzo de 1901, en que fue recuperada por tropas del gobierno federal al mando del vicealmirante Angel Ortiz Monasterio, acción paralela a la ocupación de Chan Santa Cruz por el general Ignacio A. Bravo. En ambos casos los soldados no dispararon un solo tiro, porque los indios se internaron en la selva y formaron nuevas aldeas

El general nunca conoció el lugar exacto donde estuvo Chan Santa Cruz, último baluarte organizado maya, pues éste fue fundado en plena selva por consejo de José María Barrera, un aliado de los indios, quien valiéndose de Manuel Náhuat, compañero suyo, "hacía hablar a las cruces". La aldea, aunque importante, fue de troncos, palos y guano, de suerte que nada quedó de ella. Los indígenas siguieron combatiendo esporádicamente. Sus jefes eran, en la zona centro, Juan Yamá, Florentino Cituk, Guadalupe Tun y Juan Bautista Vega; en Bacalar, Victoriano Ek; y en Icaiché, Anselmo Tamay

El presidente Díaz resolvió erigir el Territorio Federal de Quintana Roo, mediante el decreto constitucional del 16 de enero de 1902 que segregó a Yucatán una superficie de 50,844 kilómetros cuadrados. Previamente, el gobernador de Yucatán, general Francisco Cantón Rosado, había manifestado al presidente, en carta del 14 de noviembre de 1901:

"Desde luego y sin vacilar reconozco que Yucatán no puede por sí solo, como no ha podido en más de medio siglo, recuperar, pacificar y conservar, ni menos colonizar y fomentar, la comarca sudoriental segregada hace cincuenta y tres años por la rebelión de los mayas, de la acción política y administrativa y del movimiento progresista y civilizador de la República, y creo firmemente que sólo la Nación está en condiciones de obtener esos beneficios. Pero no pudiendo realizarse éstos con la libertad de acción y eficacia necesarias, permaneciendo la zona reconquistada bajo la jurisdicción del Estado, se impone la conveniencia de erigirla en Territorio Federal"

En 1935, fue designado gobernador Rafael E. Melgar. Distribuyó los puestos públicos, inclusive los de policía, entre amigos y paisanos suyos de Oaxaca; pero el 28 de septiembre de 1936 el presidente Cárdenas, en su Programa de Gobierno para los Territorios Federales, dispuso que las secretarías de Estado y el ejecutivo territorial integrasen su personal con nativos de la entidad o con ciudadanos que tuvieran 5 años de residencia anteriores a la fecha de su nombramiento.

El Comité Pro Territorio ofreció su más amplia colaboración al gobernador; éste, en cambio, reclamó la desaparición de ese organismo; forzó al doctor Barocio a ausentarse de Payo Obispo y encareció a Juan E. Villanueva Rivero, Pascual Sangri, Audomaro Andrade Oropeza y Luis Coral Romero

El 7 de enero de 1971 tomó posesión como gobernador el licenciado David G. Gutiérrez Ruiz. El 3 de abril de 1974 el gobernador Gutiérrez Ruiz declaró que ya era conveniente y necesario erigir el Territorio en Estado Libre y Soberano, pues a su juicio la entidad satisfacía los requisitos de población y capacidad económica que señala para ese objeto la Constitución.

Al día siguiente reiteró de modo oficial esa iniciativa ante el presidente Luis Echeverría y solicitó asimismo la creación de los municipios libres de Othón P. Blanco (Chetumal), Felipe Carrillo Puerto, José María Morelos, Benito Juárez (Cancún), General Lázaro Cárdenas (Kantunilkín), Cozumel e Isla Mujeres. El Territorio tuvo municipios hasta 1929, en que desaparecieron para convertirse en delegaciones. El presidente Echeverría aceptó las dos proposiciones.