Ancaman terhadap NKRI dapat diklasiikasikan ke dalam beberapa bagian berikut.

Ancaman militer merupakan ancaman yang menggunakan kekuatan bersenjata secara terorganisir yang dinilai mempunyai kemampuan membahayakan kedaulatan negara, keutuhan wilayah negara, dan keselamatan segenap bangsa. Berdasarkan Pasal 7 UU No. 3 Tahun 2002, sistem pertahanan negara dalam menghadapi ancaman militer menempatkan Tentara Nasional Indonesia sebagai komponen utama dengan komponen cadangan. Diperjelas oleh Pasal 8, yang merupakan komponen cadangan dan pendukung terdiri atas warga negara, sumber daya alam, sumber daya buatan, serta sarana dan prasarana. Contoh ancaman militer adalah adanya serangan udara dengan pesawat tempur atau rudal; adanya invasi dengan pasukan darat, laut, atau udara; dan adanya penggunaan senjata nuklir. 

2.      Ancaman nonmiliter/nirmiliter 

Ancaman nonmiliter merupakan ancaman yang berasal dari faktor-faktor nonmiliter, seperti dari bidang ekonomi, politik, sosial, dan lingkungan. Ancaman nonmiliter dalam hal ini lebih berbahaya karena wujudnya tidak selalu nyata, seperti ancaman yang berkaitan dengan ideologi. Merujuk Pasal 7 UU No. 3 Tahun 2002, sistem pertahanan negara dalam menghadapi ancaman nonmiliter menempatkan lembaga pemerintah di luar bidang pertahanan sebagai unsur utama, sesuai dengan bentuk dan sifat ancaman yang dihadapi dengan didukung oleh unsur-unsur lain dari kekuatan negara. Contohnya, di bidang teknologi, terjadi serangan siber atau cyberattack (pencurian data rahasia, penghancuran sistem, atau manipulasi informasi); di bidang politik, terjadi propaganda opini publik yang dapat mengganggu stabilitas politik suatu negara (seperti penyebaran informasi palsu sehingga menciptakan kekacauan atau ketidakstabilan); di bidang ekonomi, membatasi atau menghentikan perdagangan atau investasi dengan suatu negara tertentu, adanya kenaikan harga yang memihak golongan tertentu, dan lain-lain. 

3.      Ancaman hibrida 

Ancaman hibrida merupakan penggabungan dari ancaman militer dan nonmiliter. Ancaman hibrida mencakup suatu tindakan yang terkoordinasi dan terintegrasi serta melibatkan berbagai jenis tindakan dan strategi yang membahayakan kepentingan nasional. Pada umumnya, ancaman hibrida melibatkan penggunaan berbagai jenis kekuatan untuk mencapai tujuan politik, ekonomi, dan militer. Contohnya, adanya operasi intelijen rahasia dan sabotase ekonomi; adanya propaganda dan kampanye pengaruh dari politik sehingga dapat memengaruhi opini publik; serta adanya serangan siber yang dilakukan secara bersamaan dengan adanya serangan militer. 

Segala sesuatu yang berkaitan dengan ancaman, tantangan, hambatan, dan gangguan yang berasal dari dalam negeri atau dari dalam wilayah suatu negara. Contohnya, adanya terorisme domestik (berasal dari kelompok teroris di dalam negeri yang mempunyai tujuan politik atau ideologi tertentu); pemberontakan (bertujuan untuk memisahkan diri dari negara); konflik sosial (berasal dari konflik kelompok atau individu yang menyebabkan ketidakstabilan politik dan sosial); radikalisme(adanya pandangan ideologi radikal); dan kriminalitas (aktivitas kriminal, seperti pencurian, perampokan, dan pemerasan). 

2.      Ancaman dari eksternal 

Segala sesuatu yang berkaitan dengan ancaman, tantangan, hambatan, dan gangguan yang berasal dari luar negeri. Contohnya, invasi militer(yang berencana untuk menginvasi atau menyerang suatu negara);spionase (berasal dari negara atau kelompok yang melakukan kegiatan mata-mata terhadap suatu negara untuk mendapatkan informasi);penyebaran ideologi atau propaganda (berusaha memengaruhi opini publik dengan penyebaran ideologi); pelanggaran wilayah udara atau laut (melanggar wilayah udara atau laut tanpa izin, seperti pencurian ikan di laut pada batas teritorial); dan lain-lain. 

Ancaman nyata merupakan ancaman yang sering terjadi dan membahayakan kedaulatan negara. Ancaman ini bisa berasal dari dalam negeri ataupun luar negeri. Dalam Buku Putih Kementerian Pertahanan Republik Indonesia (2015: 22), yang termasuk ancaman nyata di antaranya: terorisme dan radikalisme,separatisme dan pemberontakan bersenjata,bencana alam,pelanggaran wilayah perbatasan,perompakan dan pencurian kekayaan alam,wabah penyakit,serangan siber dan spionase serta peredaran dan penyalahgunaan narkoba. 

2.      Ancaman belum nyata 

Ancaman belum nyata merupakan ancaman yang tidak terlihat dan belum diketahui, yaitu: 

• Bentuk ancaman yang masih belum prioritas didasarkan analisis strategis; 

• Ancaman dapat berupa konflik terbuka/perang konvensional; 

1.       Agresi berupa penggunaan kekuatan bersenjata oleh negara lain terhadap kedaulatan negara, keutuhan wilayah, dan keselamatan segenap bangsa dalam bentuk dan cara-cara berikut: 

a.       Invasi berupa serangan oleh kekuatan bersenjata negara lain terhadap wilayah Negara Kesatuan Republik Indonesia. 

b.      Bombardemen berupa penggunaan senjata lainnya yang dilakukan oleh angkatan bersenjata negara lain terhadap wilayah Negara Kesatuan Republik Indonesia. 

c.       Blokade terhadap pelabuhan atau pantai atau wilayah udara Negara Kesatuan Republik Indonesia oleh angkatan bersenjata negara lain. 

d.      Serangan unsur angkatan bersenjata negara lain terhadap unsur satuan darat atau satuan laut atau satuan udara Tentara Nasional Indonesia. 

e.       Unsur kekuatan bersenjata negara lain yang berada dalam wilayah Negara Kesatuan Republik Indonesia berdasarkan perjanjian yang tindakan atau keberadaannya bertentangan dengan ketentuan dalam perjanjian. 

f.        Tindakan suatu negara yang mengizinkan penggunaan wilayahnya oleh negara lain sebagai daerah persiapan untuk melakukan agresi terhadap Negara Kesatuan Republik Indonesia. 

g.      Pengiriman kelompok bersenjata atau tentara bayaran oleh negara lain untuk melakukan tindakan kekerasan di wilayah Negara Kesatuan Republik Indonesia atau melakukan tindakan seperti tersebut di atas. 

2.       Pelanggaran wilayah yang dilakukan oleh negara lain, baik yang menggunakan kapal maupun pesawat non komersial. 

3.       Spionase yang dilakukan oleh negara lain untuk mencari dan mendapatkan rahasia militer. 

4.       Sabotase untuk merusak instalasi penting militer dan objek vital nasional yang membahayakan keselamatan bangsa. 

5.       Aksi teror bersenjata yang dilakukan oleh jaringan terorisme internasional atau yang bekerja sama dengan terorisme dalam negeri atau teroris mendalam negeri yang bereskalasi tinggi sehingga membahayakan kedaulatan negara, keutuhan wilayah, dan keselamatan segenap bangsa. 

6.       Pemberontakan bersenjata. 

7.       Perang saudara yang terjadi antara kelompok masyarakat bersenjata dan kelompok masyarakat bersenjata lainnya.