Por otro lado, factores naturales también contribuyen a la contaminación del aire en la ciudad. La actividad volcánica en otras regiones puede afectar la calidad del aire mediante la emisión de cenizas volcánicas y gases como el dióxido de azufre (SO2), mientras que los niveles de polen y esporas de hongos durante la temporada de floración de plantas y árboles pueden provocar molestias respiratorias y aumentar la carga de contaminantes en la atmósfera. Además, los incendios forestales, ya sea naturales o causados por actividades humanas, pueden liberar humo y partículas finas en el aire.

Estos diversos factores contribuyen a la compleja problemática de la calidad del aire en Manizales, lo que subraya la importancia de abordar tanto las causas antropogénicas como las naturales al desarrollar estrategias para mejorar la calidad del aire en la ciudad.

1. Comercio ilegal de flora y fauna: en el departamento de Caldas, es promovido por la gran demanda de madera, mascotas, y planta ornamentales en centro urbanos e incluso en algunos sectores rurales.

2. Especies Invasoras: de acuerdo al instituto Von Humboldt hay 581 especies invasoras, incluyendo anfibios, plantas y peces de las cuales 109 son invasoras de altos riesgos.

3. Fragmentación y deforestación: están relacionados a diversas actividades antropogénicas que afectan a los ecosistemas como la apertura a vías, el cambio del uso del suelo, mediante el proceso de manejo para cultivos por lo que se genera la deforestación que alteran de una manera la topografía y hace que obligue el desplazamiento de la fauna silvestre.

4. Perdida de la biodiversidad: son diversas las actividades que provoca la perdida de la biodiversidad, actividades como: plantaciones de manera comercial de especies de flora no nativas, accidente de la fauna en las vías, el uso excesivo de los agroquímicos entre otros alteran las poblaciones de la flora y fauna, características de nuestro país.

5. Las mascotas: esta problemática se relaciona por el mal sostenimiento de las mascotas que no se le da un adecuado cuidado, en cuanto al abandono y la disposiciones inadecuadas de las heces fecales, que afectan a la salud publica y al medio ambiente.

6. Exceso de uso de fertilizantes y pesticidas: es el uso en exceso de fertilizantes para el manejo de los cultivos, ya que hacer uso extensivo estos pueden contaminar las aguas superficiales y el resto, se arrastra por la lluvia a los rios contaminándolos, afectando a las fauna acuática.