Siendo dos factores principales  el crecimiento poblacional, por otro, el crecimiento del Producto Interno Bruto (PIB) generado por la industria instalada en la entidad y que ninguna de las dos se pueden dar sin el agua, dándose de manera acelerada y que se abastece de este mismo acuífero posicionando a Querétaro como uno de los 106 municipios con riesgo de sequía e acuerdo con el documento Estadísticas de Agua en México 2018. 

Según reportes del Monitor de Sequía en México, elaborado por la Comisión Nacional del Agua y el Servicio Meteorológico Nacional (Conagua) y publicado el 15 de marzo, señala que ocho municipios de Querétaro tienen sequía, esto equivale a 44 por ciento del total de Ayuntamientos que hay en la entidad.

https://amqueretaro.com/queretaro/2019/03/28/valle-de-queretaro-sobreexplotado-cea

los resultados arrojaron principalmente que el agua que se vierte en las inmediaciones del municipio de El Marqués, contiene bacterias coliformes, “que son las que producen enfermedades del estómago, eso quiere decir que viene de materia fecal
Además del contenido de bacterias, se encontró un alto índice de Demanda Bioquímica de Oxígeno, lo que evidencia si las aguas residuales han recibido o no un tratamiento para aminorar sus efectos contamintantes

https://www.diariodequeretaro.com.mx/local/llegan-a-empresa-aguas-fecales-aguas-negras-contaminiacion-rio-queretaro-rios-6507861.html

En cuanto a la legislación secundaria, la Ley de Aguas Nacionales (LAN) es el ordenamiento reglamentario del artículo 27 constitucional; regula la distribución y control del agua, y designa a la Comisión Nacional del Agua como el órgano responsable de ejercer la autoridad y administración del agua a nombre del Ejecutivo.

La LAN se promulgó en 1992 y su última reforma fue publicada en el Diario Oficial de la Federación en marzo del 2016.

Otras leyes secundarias se relacionan también con el tema de agua, como la de cambio climático, la de desarrollo forestal sustentable, la ley general del equilibrio ecológico y protección al ambiente, la ley minera y otras. La Ley Federal de Derechos, por su parte, clasifica las zonas de disponibilidad de agua y determina las tarifas por uso, así como el cobro por descarga de aguas residuales con base en su calidad y la de los cuerpos de agua receptores.

A partir de que se incorporó el derecho humano al agua en el artículo 4º constitucional, está pendiente la discusión de la Ley General de Aguas que lo normará.

No obstante la normatividad existente, prevalecen problemas como los siguientes:

• Los hábitos y prácticas en el uso del agua, que son elementos que fomentan el desperdicio.

• La insuficiente capacidad de los municipios para satisfacer en cantidad y calidad los servicios de agua potable, alcantarillado y tratamiento de aguas residuales.

• La falta de coordinación interinstitucional y de claridad en la competencia de la federación, los estados y los municipios.

• El rezago de tarifas y los subsidios que fomentan el desperdicio.

• Las malas condiciones de la infraestructura.

• Una gestión centralizada que impide una visión integral de cuenca en la que se fomente la participación ciudadana.

• La concesión de volúmenes superiores a la disponibilidad y las extracciones ilegales, sin sanciones.

• Los trasvases de una cuenca a otra con serias consecuencias ambientales y alto consumo energético.

• La contaminación de los cuerpos de agua por descargas legales, ilegales o no tratadas.