תופעה זו מתרחשת בעיקר בעקבות רעידת אדמהבלב האוקינוס. קצהו של הלוח הטקטוני העליון במשך זמן רב "נדחס" כלפי מטה, בשל לחץ עקב החדירה של הלוח שמולו. כאשר קצהו של הלוח העליון שדרוך כמו קפיץ משתחרר בבת אחת ונע בעוצמה מלמטה למעלה, וחובט במי הים במהירות, פעולה זו הכרוכה בשחרור אנרגיה רבה, המזעזעת את המים ויוצרת גלים סייסמייםחזקים מאוד, הנעים במהירות של בין 400 ל-1,000 קמ"ש. לעיתים הרעידות הסייסמיות שיוצרים גלים אלו מגיעות בצרורות, כך שגלי צונאמי יכולים לבוא בזה אחר זה בהפרש של דקות.

גורם נוסף ופחות שכיח שעלול לגרום לצונאמי הוא מפולת תת-מימית. במקרה זה הר או רכס תת-מימי מתמוטט במעמקי האוקיינוס, וגורם לדחיקה של המים בעוצמה רבה.

במשך שנים רבות נחשבו המערבולות הימיות, הנגרמות על ידי צונאמי או בולענים תת ימיים, לאחת התופעות המסוכנות ביותר בים. האמת היא שאין כלל מקרים מתועדים של ספינות גדולות הנקלעות למערבולת.
מערבולות שכאלו מסוכנות מאוד לבני האדם מכיון שמערבולות אלו יכולות לסחוף בני אדם ולהטביע או לסחוף אותם אל קרקעית מפאת עיקרון הסיבוב שלהם אשר סיבוב זה נמצא כמו חוד עד קרקעית הים ובתוך סיבוב זה יש אוויר מועט ולאחר מכן המים משתחררים אל הים ומטביע את בני האדם ללא רצונם.