Iznikao je na mjestu današnje tvrđave sv. Mihovila, a isprva se razvijao kao utvrda (castrum).

Prvo put se spominje na sam Božić 1066., u ispravi kralja Petra Krešimira IV.

Već 103 godine od prvog spominjanja Šibenika, 1169. godine, ugarski kralj Stjepan III. dodjeljuje gradu status grada i pravo kovanja novca.

Naslov grada, Šibenik dobiva 1298. godine kada je osnovana Šibenska biskupija.

Šibenska biskupija u svojoj povijesti, imala je dvije stolne crkve.

Prva je bila crkva Sv. Jakova apostola. No, ona je uništena požarom 1380., a izgradnja današnje stolne crkve, katedrale Sv. Jakova, započela je 1431. godine.

Katedrala je simbol kulminacije višestoljetnog stremljenja grada Šibenika, da se odvoji od trogirske biskupije te da i uz vlastitu crkvu stekne i komunalnu autonomiju.

Katedrala niče na južnoj strani starog gradskog trga, na kojem je mjestu prije bila romanička crkva Sv. Jakova apostola.

Ideja o izgradnji datira još od 1298., a odluka o izgradnji donesena je 1402. godine, dok sama izgradnja započinje 1431. godine i uz prekide traje do 1536. godine.

Katedrala je posvećena 1555., a posvetio ju je biskup Ivan Lucije Štafilić.

Za fond i inicijativu izgradnje katedrale, zadužen je biskup Bogdan Pulšić.

No međutim, sa izgradnjom se moralo nastaviti dalje, tako da je "na scenu nastupio" novi protomagister Francesco di Giacomoiz Venecije, koji modificira početni plan i prilagođava ga za izgradnju na mjestu već postojeće.

Izgradnja nove katedrale i postavljanje novih temelja započinje 09. travnja 1431. godine., a sada na ovom velebnom projektu rade Antonio di Pierpaolo Busato i Lorenzo Pincino.

Nakon deset godina dolazi do prekida radova, a 1441., Vijeće dovodi Jurja Matejeva iz Zadra kao novog "izvođača radova".

Za ovu fazu gradnje važan nam je Juraj Matijev Dalmatinac koji odlučuje o konačnom obliku i izgledu katedrale.

On izgrađuje poprečni brod, sjeverni i južni pilastar, apside sa svim ukrasnim elementima i baldahine s kipovima svetog Petra i Pavla pobočnom portalu.

Prva etapa traje od 1441.-1455. godine, a osim svih novina koje je Juraj Dalmatinac sagradio i kojima je doprinio izgledu katedrale kakvu danas poznajemo, on je modernizirao raniji projekt i uveo novu tehniku gradnje, tzv. "montažnu tehniku".

Druga faza izgradnje započinje 1461. i završava 1473. godine i odvija se u dvije etape.

Prvu etapu druge faze (1461.-1465.) obilježava dolazak renesansnog slikanja i oslikavanja koji potječe iz likovnog kruga F. Squarcionea i radionice Donatella u Padovi (zid sjeverne kapele raščlanjen s pilastrima i zaključen s vijencem na kojem putti pridržavajući girlande sviraju i plešu, tzv. “Malipierova partija”).

Druga etapa započinje povratkom Dalmatinca iz Dubrovnika (1465.), a obilježava je pojava strukturalno zrelijih kompozicija i stilski čišćih motiva toskanskog porijekla (prozori glavne apside) koji su nastali pod utjecajem firentinskih majstora iz kruga Michelloza di Bartolomea. Na samome kraju ovog razdoblja, Juraj postavlja reljef Sv. Jeronima s grbom kneza S. Malipiera.

Juraj Dalmatinac umire 10. listopada 1473. godine.

Ovo razdoblje uz dolazak renesansnog stila, uvođenjem nove tehnike gradnje, obilježava svima nama poznat ornamentalni vijenac glava, koji je Dalmatinac napravio u suradnji sa šibenskim kiparom Ivanom Pribislavćem.

Također, uz vijenac glava Dalmatinac ostavlja: razvijeni kameni svitak drže dva jedra anđela na kojem je

Juraj uklesao svoje i očevo ime i zavičaj u kojem je odrastao (‘’Hos opus cuvarum fecit magister Georgius Mathei Dalmaticus’’), krstionicu, sakristije i stepeničasto uzdignuto svetište. Unutarnjem dijelu katedrale dodaje stupove na kojima se nastavljaju elementi za nošenje kupole.

Nikola zatiče katedralu dovršenu do visine obodnih zidova svetišta i zidova bočnih brodova, ali međusobno neusklađenih i nepovezanih, te sa brojnim nepravilnostima u tlocrtnoj dispoziciji čitavog korskog djela.

Nikola dvije godine izrađuje projekt za dovršavanje gornjeg dijela katedrale i počinje s presvođenjem bočnih kapela svetišta. On je prilagodio Jurjevu "montažnu tehniku" gradnje. Nikola ispravlja i ojačava zidove korskog djela, te ih vrlo brzo (do 1483.) podiže do razine svoda.

Nikola 1499. sklapa ugovor za izradu kamenog namještaja u svetištu. U trenutku Nikoline smrti (1506./1507.) podignuta je kupola i još dva traveja bačvastog svoda nad glavnim brodom i četvertbačvasti svodovi nad bočnim brodovima.

Katedrala se gradila još cijela tri desetljeća poslije njegove smrti i u cijelosti je dovršena po njegovom projektu. Dužnost protomagistra obnašaju još Bartolomeo iz Mestra i njegov sin Jakov. Oni su do završetka građevinskih radova presvodili preostala četiri traveja glavnog i bočnih brodova, te podigli gornji “trolisno” zaključeni dio zapadnog pročelja.

Začelje završava trima apsidama i četverokutnom sakristijom. Podizanje tih dijelova izvodi Juraj Dalmatinac. Zidne plohe ukrasio je plitkim kaneliranim nišama, a apside opasao vijencem ljudskih glava na čijim je fizionomijama sposobnošću portretista izrazio njihove individualne karakterne i psihološke osobine.

Na raskrižju glavnog i poprečnog broda, nalazi se četverokutna osnova koja nosi osmerokutni tambur sa 16 prozora. Iznad tambura se uzdiže završni dio lagano zašiljene kupole. Fasada katedrale završava se renesansnim trodijelnim, trolisnim oblikom. Ovaj oblik završnog dijela fasade odražava polukružni svod centralne crkvene lađe i svodove dvaju bočnih brodova koji imaju oblik četvrtine kruga. Zbog toga se trodijelni dio fasade šibenske katedrale razlikuje od istih takvih na mnogim renesansnim crkvama u Dalmaciji, gdje je samo kulisa ispred dvostrešnog bazilikalnog krova.

U donjem, gotičkom dijelu pročelja dominira glavni portal. Unutarnji okvir tog porta bogato je ukrašen slikovito oblikovanim lišćem. Između dvostrukog pojasa tordiranih stupića nalaze se figure 12 apostola i Kristovo poprsje u vrhu luka. Svi elementi ovog porta djelo su radionice Bonina da Milano, dok su veliki baldahini koji tvore vanjski okvir ulaza djelo Jurja Dalmatinca.

U katedrali je nekoliko grobnica šibenskih biskupa. Desno od glavnog ulaza sahranjen je Juraj Šižgorić u kamenom sarkofagu na čijem je poklopcu lik biskupa djelo Jurja Dalmatinca. S lijeve strane je sarkofag biskupa Ivana Stafilića, a s desne strane polukružnog stubišta kojim se penje u prostor kora smještena je grobnica Mlečanina Callegaria, biskupa šibenskog (1676. – 1722.). S lijeve strane je grobnica biskupa Spingarole (1573. – 1589.) s reljefom ležećeg prelata kojeg je izradio Šibenčanin Antun Nugulović.