En cuanto a su política de seguridad, Moscoso enfrentó desafíos significativos. Durante su administración, los índices de criminalidad aumentaron, y su gobierno fue criticado por no implementar estrategias efectivas para combatir la inseguridad. Además, su gestión estuvo marcada por escándalos de corrupción y acusaciones de nepotismo, lo que debilitó su credibilidad y capacidad para abordar los problemas de seguridad de manera eficiente.

Mireya Moscoso no respaldó el CMA y enfrentó dificultades en la implementación de políticas de seguridad efectivas durante su presidencia.

Se instalaría en la base de Howard, sin tropas militares permanentes. Su propósito era compartir información e inteligencia entre países. Sin embargo, no se concretó porque Estados Unidos exigía condiciones que afectaban la soberanía panameña, y hubo fuerte rechazo nacional.

La propuesta de constituir el CMA fue lanzada en 1995 por el presidente de Panamá Ernesto Pérez Balladares al Grupo del Río y al gobierno de los Estados Unidos, con la condición de que se tratara de una entidad multilateral de tipo civil y regida por los civiles. Brasil, Colombia y México sostuvieron conversaciones con Panamá para sumarse a la iniciativa, pero condicionaron su participación a que el CMA fuera gobernado por civiles, que se compartiera toda la información recabada y se respetase la soberanía de cada Estado. Estados Unidos pretendía asignar por lo menos 2,500 militares al CMA, y que estos respondieran exclusivamente a los mandos del ejército estadounidense y no al comando civil que dirigiría el centro y que rigiera la extraterritorialidad jurídica para ellos. Washington pedía que sus militares pudieran realizar desde el CMA "operaciones humanitarias de salvamento" en otros países de América Latina, y reclamaba que el acuerdo rigiera por 15 años, en lugar de los tres que sugería Panamá. En este sentido el gobierno panameño anunció en esta coyuntura, que Panamá no puede crear un CMA para cumplir misiones diferentes a la detección de vuelos de aviones o tránsito de barcos con drogas en la región.

Finalmente, el 24 de septiembre de 1998 los gobierno de Panamá y Estados Unidos anunciaron en un comunicado conjunto leído simultáneamente en Washington y Panamá que "no pudo lograrse un acuerdo para establecer el CMA en Panamá", pese a coincidir sobre la necesidad de luchar unidos contra el narcotráfico. Mas sin embargo, el Canciller de Panamá, Jorge Ritter, afirmó luego de este pronunciamiento que aún es posible que las negociaciones sean reabiertas por el próximo presidente, que asumirá el poder el 1 de septiembre de 1999.

• La propuesta del Centro Multilateral Antidrogas (CMA): La propuesta de EE. UU. para establecer un CMA en Panamá después de la reversión del Canal fue un punto de fricción político-militar significativo. Aunque se presentaba como un centro de monitoreo y cooperación antidrogas, muchos lo vieron como un intento de EE. UU. de mantener una presencia militar encubierta en el país, lo que generó resistencia y debate sobre la soberanía panameña. El gobierno de Moscoso se encontró con presiones para concretar este plan.

• Seguridad fronteriza y narcotráfico: La creciente preocupación por el narcotráfico y la violencia proveniente de la frontera con Colombia, especialmente por la presencia de grupos irregulares, se convirtió en un nuevo desafío de seguridad para Panamá, y un área donde EE. UU. buscaba cooperación. Esto generó discusiones sobre la asistencia de EE. UU. en la lucha antidrogas y la seguridad regional, sin que esto implicara bases militares permanentes.

• Intereses ocultos y presiones: Hubo cuestionamientos y preocupaciones en Panamá sobre si los acuerdos de seguridad y cooperación antidrogas con EE. UU. durante la administración Moscoso ocultaban intereses estadounidenses de reanudar una presencia militar o de influir de manera desmedida en la política de seguridad panameña.

• Acuerdos de cooperación en seguridad y lucha antidrogas: Ante la negativa de un CMA formal, Estados Unidos buscó establecer acuerdos de cooperación en materia de seguridad, entrenamiento, apoyo logístico e intercambio de inteligencia para la lucha contra el narcotráfico y el crimen organizado. Estos acuerdos, aunque no son una "presencia militar" en el sentido de bases, permiten una interacción y apoyo continuo que puede ser interpretado como una forma de mantener influencia.

• Presiones y negociaciones constantes: Se ha reportado que el gobierno de Estados Unidos ejerció presión sobre la administración de Mireya Moscoso para concretar acuerdos de seguridad que permitieran legitimar ciertas actividades que estaban desarrollando o que buscaban llevar a cabo en el país. Esto incluyó discusiones sobre operaciones conjuntas para combatir el narcotráfico y el desarrollo de la estrategia nacional de seguridad panameña.

• Inversiones y asistencia en infraestructura de seguridad: Si bien no fue una reanudación de bases militares, la inversión de EE. UU. en instalaciones conjuntas de seguridad (como la construida cerca del aeropuerto de Tocumen en 2002-2004 para aumentar la cobertura preventiva en la Cuenca del Caribe) puede ser vista como una forma de mantener una presencia e influencia en la infraestructura de seguridad panameña.

El plan de seguridad de Mireya Moscoso incluía:

Modernización de la Policía Nacional:

Se buscó fortalecer la institución policial con la implementación de nuevas tecnologías, capacitación del personal y la adquisición de equipos más modernos.

Estrategias de prevención:

Se implementaron programas de prevención del delito en zonas vulnerables, se fomentó la participación comunitaria y se impulsaron iniciativas para la promoción de la cultura de paz.

Lucha contra la delincuencia organizada:

Se establecieron unidades especializadas para combatir la delincuencia organizada y se reforzó la cooperación internacional para la lucha contra el narcotráfico y otros delitos transnacionales.

Reforma fiscal:

La administración Moscoso también se enfocó en la reforma fiscal, con el objetivo de generar ingresos para financiar las inversiones en seguridad y otras áreas.

Artículos de lujo:

Por primera vez en Panamá, se gravó con un 5% adicional a artículos de lujo como yates, vehículos de alta gama y otros productos de ese tipo.

¿Qué sucedió?

La implementación del plan de seguridad y la reforma fiscal de Mireya Moscoso enfrentaron desafíos y críticas. Algunas personas consideraban que el plan de seguridad no fue lo suficientemente efectivo para reducir la delincuencia, mientras que otros criticaron la reforma fiscal por considerarla injusta y desigual. A pesar de estas críticas, la administración Moscoso logró mejorar la situación de seguridad en algunos sectores y generar ingresos para financiar inversiones en diferentes áreas.