OUD Lab w2: Detectie van GGO in doritos en mais deel 1: DNA isolatie by P3 Labvaardigheden (Padlet Account) https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq Periode 3 vaardigheden en-us 2022-02-08 10:11:28 UTC 2025-11-28 15:08:07 UTC hello@padlet.com https://padlet.net/icons/png/1f9ec.png Principe InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2035116037 Wat is het principe? Waarom werken deze technieken?

Er zijn deze week meerdere principes:
  • Het principe van DNA isolatie uit voedsel
  • Het principe van DNA isolatie uit plantaardig materiaal
  • Het principe van DNA concentratie / zuiverheid bepalen met nanodrop
Beschrijf alle 3 de principes kort en bondig
...
...
...
]]> 2022-02-08 10:11:28 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2035116037 Voorschriften InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2035116040 Noteer hier de benodigde voorschriften

In de opdracht tekst wordt vaak gehint naar de voorschriften. Kijk naar de opdrachttekst en kijk naar de index van de voorschriften. Als je dezelfde woorden tegenkomt zijn dat vast de benodigde voorschriften. 

Er zijn voor deze opdracht 3 voorschriften nodig:

  • ...
  • ...
  • ...
]]> 2022-02-08 10:11:28 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2035116040 Doel InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2035116041 Wat is het doel van het experiment?

Voor het doel staan vaak hints in de opdracht tekst

Deze week ga je nog niet iets analyseren, maar je wilt aan het eind van de labdag iets hebben. Wat wil je hebben?
...]]> 2022-02-08 10:11:28 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2035116041 Verwachting InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2035116042 Noteer hier de onderbouwde verwachting van het experiment

Wat je verwacht als uitkomst heeft te maken met het doel.

Wat verwacht je dat er uit komt?
  • Als het doel is 'hebben van' dan is een logische verwachting dast je iets wel of niet hebt
  • ...
Hoe verwacht je dat het resultaat er uit ziet
  • Hoe weet je of het geïsoleerde DNA 'zuiver' is?
  • Wat kan je over de resultaten van die test verwachten?
  • ...
Waarom verwacht je wat je verwacht?
  • ...

Beschrijf hier je verwachting in 1 alinea:
...

]]> 2022-02-08 10:11:28 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2035116042 Pipetteerschema oplossingen bereiden DNA uit mais InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2035116043 Sommige stoffen kunnen in verschillende versies op het lab aanwezig zijn. Bereken voor 1 van de versies hoeveel je moet inwegen en noteer ook je berekening. Als er op het lab een andere versie aanwezig is kan je makkelijk en snel omrekenen door het andere molgewicht in je berekening te gebruiken

Op het lab staat voor alles een pot poeder klaar, voor de SDS is er een 10% stockoplossing beschikbaar.

Extractiebuffer 50 ml bereiden:
200 mM TRIS ______________g
250 mM NaCl ______________g
25 mM EDTA ______________g
0,5 % SDS  ______________g

TE, 25 ml bereiden:
10 mM TRIS ______________g
1 mM EDTA ______________g]]> 2022-02-08 10:11:28 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2035116043 Materialen InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2035116044 Noteer hier een tabel met de benodigde materialen

Zoek in de voorschriften en de opdracht op welke materialen nodig zijn, maak een tabel waarin je op het lab ook de fabrikant kan noteren

Materiaal, concentratie, fabrikant
...     ...     ...
...     ...     ...
...     ...     ...]]> 2022-02-08 10:11:28 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2035116044 Extra info InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2035116047 Als je dit experiment kiest ga je deze week DNA isoleren uit doritos om in een volgende experiment met PCR te analyseren of er GGO-DNA in de doritos aanwezig is of niet. 
Wanneer je deze week de dorito DNA isolatie kiest is het vervolgexperiment in week 4 de PCR op GGO's.

Deze week staan de antwoorden niet meer gegeven, je gaat ze zelf invullen op de plaatsen waar '...' staat. ]]> 2022-02-08 10:11:28 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2035116047 Opdracht naam InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2035116049 Detectie van GGO in doritos deel 1: DNA isolatie

Veel mais (ongeveer 90%) is transgeen: het is genetisch gemodificeerd (GGO). Dit kan bijvoorbeeld gedaan zijn om maisopbrengst per plant te verhogen of om planten resistent te maken tegen plantenziektes. Per land verschilt het hoe geaccepteerd gebruik van GGO's is in voedsel. In Amerika zijn GGOs toegestaan in voeding. In de EU ook, maar moet het duidelijk gelabeld zijn. Consumenten vinden dat eng dus producenten gebruiken zelden GGO's voor voedselproductie.

Dorito’s zijn gemaakt uit mais, dus het is niet onwaarschijnlijk dat hier genetisch gemodificeerde mais in aanwezig is. Je gaat aan- of afwezigheid van GGO’s (genetisch gemodificeerde organismen) in Dorito’s bepalen door PCR, hiervoor moet eerst DNA uit Dorito’s geïsoleerd worden. De primers die gebruikt worden herkennen de 35S promoter, dit is een promoter die veel gebruikt wordt bij genetische modificatie van planten. Deze promoter is een DNA-sequentie uit het cauliflower mosaic virus (CMV). 

Deze week ga je DNA isoleren uit Dorito’s, volgende week wordt een PCR uitgevoerd om aan te tonen of er wel of geen GGO-DNA aanwezig is in doritos. 

DNA-isolatie kan op verschillende manieren. Je isoleert DNA uit doritos en daarnaast isoleer je DNA uit mais om als controle te gebruiken bij de PCR in week 4. Gebruik voor de Doritos een DNA isolatiemethode die geschikt is voor voedsel en voor de mais een DNA isolatiemethode die geschikt is voor planten.

Isoleer DNA uit 2 soorten Doritos (Amerikaanse en Nederlandse), je mag hiervoor samenwerken met een ander duo (allebei 1 merk Doritos).

Maak 2 losse experimenten in je labjournaal voor deze opdracht (per voorschrift 1): 1 voor DNA isolatie en nanodrop uit doritos en 1 voor DNA isolatie en nanodrop uit mais. Het is belangrijk om goed terug te kunnen vinden welk DNA monster via welk protocol geisoleerd is...

Tips

  • Isoleer DNA niet in duplo, dat heeft geen nut
  • Als je DNA geisoleerd hebt is het handig om te weten wat de concentratie is en hoe zuiver het is, er is een voorschrift over hoe je dat bepaalt met de nanodrop
  • DNA concentratie bij isolatie uit doritos kan laag zijn, maar als je genoeg volume hebt is dat geen probleem
  • Je moet de monsters in epjes bewaren tot een latere week. Het is handig om de monsters zeer korte namen te geven (2 letters). Bedenk alvast hoe je de monsters gaat noemen zodat je ze volgende week moeiteloos kan terugvinden

]]> 2022-02-08 10:11:28 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2035116049 Veiligheidsmap InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2035116050 Vul de veiligheidsmap aan met informatie over chemicalien die er nog niet in staan]]> 2022-02-08 10:11:28 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2035116050 Pipetteerschema DNA uit doritos InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2035116052 Vul hier het pipetteerschema voor DNA uit doritos in

Moeten er oplossingen of iets dergelijks gemaakt worden?

]]> 2022-02-08 10:11:28 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2035116052 Keuze controles... InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2035116055 Bijna bij elk experiment zijn controles nodig om te weten of de data van het analysemonster betrouwbaar is. Beschrijf hier welke controles je wilt maken. 

Bij DNA isolatie is de uitkomst wel of geen (zuiver) DNA. Als het niet gelukt is moet het geheel gewoon opnieuw gedaan worden. Bij dit experiment hebben controles eigenlijk geen nut]]> 2022-02-08 10:11:28 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2035116055 Monsterlijst DNA uit doritos InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2035116057 Noteer hier welke monsters je gaat maken voor dit experiment

Welke monsters heb je bij het isoleren van DNA uit doritos?




]]> 2022-02-08 10:11:28 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2035116057 Apparaatinstellingen DNA uit dorito InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2035116058 Noteer hier dingen als:
  • Hoe je te gebruiken apparaten instelt
  • Incubatiestappen: hoe lang, bij welke temperatuur
  • Centrifugestappen: welke RPM, hoe lang, werk je verder met het supernatant of het pellet?
  • etc.

]]> 2022-02-08 10:11:28 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2035116058 Monsterlijst DNA uit mais InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2040191445 Noteer hier welke monsters je gaat maken voor dit experiment

Welke monsters heb je bij het isoleren van DNA uit mais?




]]> 2022-02-10 13:19:41 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2040191445 Overzicht labdag / planning InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2040233425 Bij een professionele werkhouding hoort ook overzicht behouden over de labdag. Uiteindelijk op de praktijktoets word gekeken of je weet wat je moet doen, of dat in je hoofd zit of op papier mag je zelf bepalen. Een planning kan hierbij helpen

Stappen die in je planning kunnen staan zijn bijvoorbeeld:
  • Materialen verzamelen
  • Waterbad of hitteblok aanzetten
  • Incubatietijden: hoe lang moet je 'wachten' tot er dingen klaar zijn? Dit kan bij elkaar al veel tijd kosten
  • Alle stappen die je gaat uitvoeren
  • Wat kan er tijdens 'wachtstappen' al gedaan worden?
  • DNA concentratie controleren: hoeveel tijd denk je dat dit kost?
  • Hoe laat denk je klaar te zijn met alle experimenten voor deze opdracht?
  • ...

]]> 2022-02-10 13:39:57 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2040233425 Apparaatinstellingen DNA uit mais InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2040239795 Noteer hier dingen als:
  • Hoe je te gebruiken apparaten instelt
  • Incubatiestappen: hoe lang, bij welke temperatuur
  • Centrifugestappen: welke RPM, hoe lang, werk je verder met het supernatant of het pellet?
  • etc.

]]> 2022-02-10 13:42:24 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2040239795 Kleuren posts InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2040246142 Omdat je hier voorbereid voor 2 losse experimenten in je labjournaal zijn dingen die je voor elk experiment anders moet voorbereiden met andere kleuren posts gemarkeerd. Witte posts zijn hetzelfde voor beide experimenten, gele posts horen bij DNA isolatie uit doritos, blauwe bij DNA isolatie uit mais.]]> 2022-02-10 13:45:23 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2040246142 Materialen InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2041963476 Noteer hier een tabel met de benodigde materialen

Zoek in de voorschriften en de opdracht op welke materialen nodig zijn, maak een tabel waarin je op het lab ook de fabrikant kan noteren

Materiaal, concentratie, fabrikant
...     ...     ...
...     ...     ...
...     ...     ...]]> 2022-02-11 08:28:29 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2041963476 Samenwerken InhollandLSC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2045945150 Deze periode ga je voor de voorbereiding veel doen. wanneer je niet samenwerkt kan het teveel zijn om alleen te doen in een reëele tijd.

Gebruik deze padlets om samen voor te bereiden. Als je met een groepje in een padlet werkt kan iedereen er tegelijkertijd aanvullingen in zetten.]]> 2022-02-14 10:52:34 UTC https://padlet.com/InhollandLSC/tor9cefphu709crq/wish/2045945150