En sus años juveniles la ciudad ya estaba envuelta en conflictos para reclamar su autonomía del Sacro Imperio Romano Germánico. En 1197 lograron quitarse la autoridad germánica, pero desde 1201 se envolvieron en otra guerra contra Perusa (Perugia), apoyada por los desterrados de Asís. En la batalla de Ponte San Giovanni, en noviembre de 1202, Francisco fue hecho prisionero y estuvo cautivo por lo menos un año.
Su padre lo castigó tanto que lo encadenó y lo encerró en
un calabozo, fue su madre quien lo liberó y cuando regreso el padre de Francisco , fue su madre  quien recibió las reprimendas del señor de la casa, y fue otra vez en búsqueda del muchacho a San Damián, pero Francisco se plantó con calma y le reafirmó que enfrentaría cualquier cosa por amor a Cristo. Pietro Bernardone, más preocupado por lo perdido de su patrimonio, acudió a las autoridades civiles a forzarlo a presentarse, pero el joven rehusó hacerlo con el argumento de no pertenecer ya a la jurisdicción civil, por lo que las autoridades dejaron el caso en manos de la Iglesia.
Francisco se sometió al llamado de la autoridad eclesial. Ante el requerimiento de devolver el dinero frente a su padre y al obispo de Asís, de nombre Guido, no solo lo hizo, sino que se despojó de todas sus vestimentas ante los jueces, proclamando a Dios desde ese momento como su verdadero Padre. Ante esto, el obispo lo abrazó y le envolvió con su manto.

El Papa acaba de declarar Santa a la Madre Teresa de Calcuta 19 años después de su muerte. Antes de que alguien sea canonizado, tiene que haber sido beatificado. Para beatificar se necesita al menos un milagro, el cual debe ser atribuido. La salvedad son los cristianos martires, cuyo proceso es diferente.