เหตุการณ์ในครั้งนี้ จุดชนวนให้ผู้คนที่สังเกตการณ์อยู่รอบนอกไม่ถอยหนีหรือกระจัดกระจายไปเหมือนในอดีต ความโกรธของพวกเขาชัดเจนและถูกเปล่งออกไปเป็นเสียงตะโกนเรียกร้องให้เจ้าหน้าที่หยุดการคุมตัวเหล่าลูกค้าของบาร์ขึ้นรถตำรวจ 

สถานการณ์รุนแรงมากยิ่งขึ้น เมื่อเจ้าหน้าที่เริ่มใช้กำลัง เพื่อบังคับให้ผู้จับกุมขึ้นรถตำรวจ จึงมีการตะโกนปลุกระดมให้ผู้สังเกตการณ์รอบ ๆ ขว้างปาสิ่งของต่าง ๆ ใส่ตำรวจ ทำให้เจ้าหน้าที่ต้องเรียกกำลังเสริมและกำบังตัวของพวกเขาเองเข้าไปในบาร์ หลังฝูงชนกว่า 400 ลุกฮือขึ้นสู้จากการถูกกดทับจนเป็นเหตุจลาจลในที่สุด

เครื่องกีดขวางของตำรวจถูกตีฝ่าด้วยฝูงชนซ้ำแล้วซ้ำเล่า และบาร์ Stonewall ถูกจุดไฟเผา จนกระทั่งกำลังเสริมเจ้าหน้าที่มาถึงเพื่อดับไฟได้ทันเวลา ก่อนจะเกิดการสลายฝูงชนในตอนท้าย แต่การประท้วงยังคงดำเนินต่อไปอีกถึง 5 วัน 

มีนักประวัติศาสตร์หลายคน ระบุว่า เหตุจลาจลในครั้งนี้ เปรียบเสมือนการประท้วงหลังถูกเจ้าหน้าที่ตำรวจล่วงละเมิดคุกคาม และการเลือกปฏิบัติทางสังคมที่กลุ่ม LGBTQ ต้องประสบมาตลอดทศวรรษ 1960 เหตุการณ์ จลาจล Stonewall กลายเป็นแรงกระตุ้นให้เกิดบริบทของการเคลื่อนไหวเพื่อเรียกร้องของสิทธิพลเมือง สิทธิสตรี รวมถึงสิทธิของกลุ่มเพศหลากหลายอีกด้วย